1zis

Recombinant Lumazine synthase (hexagonal form)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Bacillus subtilis

UniProt P11998

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	PHOSPHATE ION × 5 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 5	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	PHOSPHATE ION × 5 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 5	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	PHOSPHATE ION × 60 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 60	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	PHOSPHATE ION × 60 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 B； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 E； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 F； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 G； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 H； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 I； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 J； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zis
沉积日期 deposition_date	2005-04-27
结构标题 title	Recombinant Lumazine synthase (hexagonal form)
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zis__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zis__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zis__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.25 Å
Rg（电子密度）	26.25 Å
总 Rg	27.13 Å
原子数	5850
残基数	770
排除体积	103970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zis__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1zis__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1zis__assembly_3__model_1`	60-meric （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1zis__assembly_4__model_1`	60-meric （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子量 formula_weight	16302.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	11700

MNIIQGNLVGTGLKIGIVVGRFNDFITSKLLSGAEDALLRHGVDTNDIDVAWVPGAFEIPFAAKKMAETKKYDAIITLGTVIRGATTHYDYVCNEAAKGIAQAANTTGVPVIFGIVTTENIEQAIERAGTKAGNKGVDCAVSAIEMANLNRSFE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE
分子量 formula_weight	306.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1zisa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zise_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zish_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1zisj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1zisA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1zisJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

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晶胞边长 a length_a	153.690 Å
晶胞边长 b length_b	153.690 Å
晶胞边长 c length_c	296.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2400

Recombinant Lumazine synthase (hexagonal form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zis__assembly_1__model_1

1zis__assembly_1__model_1 | I(q)

1zis__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (4)

Recombinant Lumazine synthase (hexagonal form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zis__assembly_1__model_1

1zis__assembly_1__model_1 | I(q)

1zis__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (4)