1zq1

Structure of GatDE tRNA-Dependent Amidotransferase from Pyrococcus abyssi

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit D

Pyrococcus abyssi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit E × 2 （Q9V0U0） ASPARTIC ACID × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATD_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 1–438 作者链 B； PDB构建体 1–438； UniProt 1–438

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit E

Pyrococcus abyssi

UniProt Q9V0U0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit D × 2 （Q9V0T9） ASPARTIC ACID × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATE_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–633； UniProt 1–633 作者链 D； PDB构建体 1–633； UniProt 1–633

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zq1
沉积日期 deposition_date	2005-05-18
结构标题 title	Structure of GatDE tRNA-Dependent Amidotransferase from Pyrococcus abyssi
关键词 keywords	x-ray; 3D structure; asparaginase 1 family; GatD subfamily, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zq1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zq1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.25 Å
Rg（电子密度）	45.60 Å
总 Rg	45.39 Å
原子数	14801
残基数	1862
排除体积	265360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zq1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit D
分子量 formula_weight	49640.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14869

MRVDEFLKERNINVGDFVRITKEEDGEEVTYEGYIMPPYELSAGDTLVLKLENGYNIGIALEKIRRIEVLERAKVKPEVHFEALIEGKPGLPEVTIIGTGGTIASRIDYETGAVYPAFTAEELAKALPEIFEVANVKPKLLFNIFSEDMKPKHWVKIAHEVAKALNSGDYGVVVAHGTDTMGYTAAALSFMLRNLGKPVVLVGAQRSSDRPSSDAAMNLICSVRMATSEVAEVMVVMHGETGDTYCLAHRGTKVRKMHTSRRDAFRSINDVPIAKIWPNGEIEFLRKDYRKRSDEEVEVDDKIEEKVALVKVYPGISSEIIDFLVDKGYKGIVIEGTGLGHTPNDIIPSIERAVEEGVAVCMTSQCIYGRVNLNVYSTGRKLLKAGVIPCEDMLPETAYVKLMWVLGHTQNLEEVRKMMLTNYAGEITPYTRFDTYLR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit E
分子量 formula_weight	71989.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MMVMTDKFNYEELGLKVGLEIHRQLDTKKLFSPVPSELSDKVEFTFQRRLRPTMSELGEIDPAALEEFKKGRVYVYEGNYELTDLVYMDEEPPRGPDREALEVALQIAYLLNAKPVDEVYYMRKIVIDGSNVSGFQRTAIIATDGKVETPWGAVGIPTICLEEDAARIIERKDKEVIYRLDRLGIPLIEISTTPDIHHPEQAKVVAKFIGDALRATKKVKRGLGTIRQDLNVSIKGGARIEIKGVQELDMIPIIIEREVERQLNLLKIRDELRKRGVKPKDIKEEFYDVTDIFENTKSKIIARVIKKGGKVLAIKLPKFRGLIGREIQPGRRLGTEFADRAKKYVPGIFHIDELPNYGISQEEVNKVIERLNLSEEDAFVLVAAEEEKAKNALREVIKRAREAIEGVPEETRRALPDGNTEYMRPLPGKARMYPETDIPPLRIPDDLKKKIKENLPELPQAKVERYVKEYKLDRSLAQTLVDDERDELFEELVSMGVKPSLAASILVVVLKGLRKEVPIENVTDEHIREAFQLYLEGKIAKEAFEEIFKELARNPSKSAREVAEEKGLTLLSEEEVTRIIEEVIQQNIEVVKAKGMGAMGLIMGRVMAKVRGKADGKLVSQIVRRKLQEISGG

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ASPARTIC ACID
分子量 formula_weight	133.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1zq1a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.3 — GatD N-terminal domain-like
家族 Family family	b.38.3.1 — GatD N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1zq1a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d1zq1b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.3 — GatD N-terminal domain-like
家族 Family family	b.38.3.1 — GatD N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1zq1b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d1zq1c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.182 — GatB/YqeY motif
超家族 Superfamily superfamily	a.182.1 — GatB/YqeY motif
家族 Family family	a.182.1.2 — GatB/GatE C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1zq1c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.4 — GAD domain-like
家族 Family family	d.74.4.1 — GAD domain

结构域编号 domain_id	d1zq1c3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.5 — GatB/GatE catalytic domain-like

结构域编号 domain_id	d1zq1d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.182 — GatB/YqeY motif
超家族 Superfamily superfamily	a.182.1 — GatB/YqeY motif
家族 Family family	a.182.1.2 — GatB/GatE C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1zq1d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.4 — GAD domain-like
家族 Family family	d.74.4.1 — GAD domain

结构域编号 domain_id	d1zq1d3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.5 — GatB/GatE catalytic domain-like

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1zq1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	520 —

结构域编号 domain_id	1zq1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1zq1A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1zq1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	520 —

结构域编号 domain_id	1zq1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1zq1B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1zq1C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GAD-like domain

结构域编号 domain_id	1zq1C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — GatB domain, N-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1zq1D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GAD-like domain

结构域编号 domain_id	1zq1D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — GatB domain, N-terminal subdomain

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晶胞边长 a length_a	102.700 Å
晶胞边长 b length_b	138.200 Å
晶胞边长 c length_c	134.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2171
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2560

Structure of GatDE tRNA-Dependent Amidotransferase from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zq1__assembly_1__model_1

1zq1__assembly_1__model_1 | I(q)

1zq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of GatDE tRNA-Dependent Amidotransferase from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zq1__assembly_1__model_1

1zq1__assembly_1__model_1 | I(q)

1zq1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)