1zrt

Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b

Rhodobacter capsulatus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STIGMATELLIN A × 2 UNKNOWN LIGAND × 4 HEME C × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 P； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

Cytochrome c1

Rhodobacter capsulatus

UniProt D5ANZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STIGMATELLIN A × 2 UNKNOWN LIGAND × 4 HEME C × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY1_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–258； UniProt 22–279 作者链 Q； PDB构建体 1–258； UniProt 22–279

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

Rhodobacter capsulatus

UniProt D5ANZ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STIGMATELLIN A × 2 UNKNOWN LIGAND × 4 HEME C × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCRI_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191 作者链 R； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zrt
沉积日期 deposition_date	2005-05-22
结构标题 title	Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound
关键词 keywords	;CYTOCHROME BC1, MEMBRANE PROTEIN, HEME PROTEIN, RIESKE IRON SULFUR PROTEIN, CYTOCHROME B, CYTOCHROME C1, COMPLEX III, OXIDOREDUCTASE, REDOX ENZYME, RESPIRATORY CHAIN, STIGMATELLIN, ELECTRON TRANSPORT ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zrt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zrt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.71 Å
Rg（电子密度）	37.48 Å
总 Rg	37.93 Å
原子数	13901
残基数	1724
排除体积	250040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zrt__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	49386.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P
原子数 atom_count	13919

MSGIPHDHYEPKTGIEKWLHDRLPIVGLVYDTIMIPTPKNLNWWWIWGIVLAFTLVLQIVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRDVNGGWAMRYIHANGASLFFLAVYIHIFRGLYYGSYKAPREITWIVGMVIYLLMMGTAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGPSIQAWLLGGPAVDNATLNRFFSLHYLLPFVIAALVAIHIWAFHTTGNNNPTGVEVRRTSKADAEKDTLPFWPYFVIKDLFALALVLLGFFAVVAYMPNYLGHPDNYVQANPLSTPAHIVPEWYFLPFYAILRAFAADVWVVILVDGLTFGIVDAKFFGVIAMFGAIAVMALAPWLDTSKVRSGAYRPKFRMWFWFLVLDFVVLTWVGAMPTEYPYDWISLIASTYWFAYFLVILPLLGATEKPEPIPASIEEDFNSHYGNPAE

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1061
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	28321.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q

NSNVPDHAFSFEGIFGKYDQAQLRRGFQVYNEVCSACHGMKFVPIRTLADDGGPQLDPTFVREYAAGLDTIIDKDSGEERDRKETDMFPTRVGDGMGPDLSVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGMGGPEYIYNYVIGFEENPECAPEGIDGYYYNKTFQIGGVPDTCKDAAGVKITHGSWARMPPPLVDDQVTYEDGTPATVDQMAQDVSAFLMWAAEPKLVARKQMGLVAMVMLGLLSVMLYLTNKRLWAPYKGHKA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1061
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	20465.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

MSHAEDNAGTRRDFLYHATAATGVVVTGAAVWPLINQMNASADVKAMASIFVDVSAVEVGTQLTVKWRGKPVFIRRRDEKDIELARSVPLGALRDTSAENANKPGAEATDENRTLPAFDGTNTGEWLVMLGVCTHLGCVPMGDKSGDFGGWFCPCHGSHYDSAGRIRKGPAPRNLDIPVAAFVDETTIKLG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1061
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	STIGMATELLIN A
分子量 formula_weight	514.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1zrtC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	1zrtE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1zrtE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	1zrtP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	1zrtR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1zrtR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

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晶胞边长 a length_a	95.633 Å
晶胞边长 b length_b	154.360 Å
晶胞边长 c length_c	103.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.510 Å
最低分辨率 resolution_low	59.770 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2207
R_free r_free	0.2887

Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zrt__assembly_1__model_1

1zrt__assembly_1__model_1 | I(q)

1zrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zrt__assembly_1__model_1

1zrt__assembly_1__model_1 | I(q)

1zrt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)