SAXSdb — 1zs4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein CII

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 4–82 链 B； UniProt 4–82 链 C； UniProt 4–82 链 D； UniProt 4–82	未记录	DNA - 27mer × 1 DNA - 27mer × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；295 K；PEG 550 MME, SODIUM ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZS4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XWR Crystal structure of the coliphage lambda transcription activator protein CII 提交 2004-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–97（97 aa）链 B 1–97（97 aa）链 C 1–97（97 aa）链 D 1–97（97 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；PEG 3350, isopropanol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
1ZPQ STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA CII protein 提交 2005-05-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–97（97 aa）链 B 1–97（97 aa）链 C 1–97（97 aa）链 D 1–97（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
8IGR Cryo-EM structure of CII-dependent transcription activation complex 提交 2023-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–97（97 aa）链 B 1–97（97 aa）链 C 1–97（97 aa）链 D 1–97（97 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPC2_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–83； UniProt 4–82 作者链 B； PDB构建体 5–83； UniProt 4–82 作者链 C； PDB构建体 5–83； UniProt 4–82 作者链 D； PDB构建体 5–83； UniProt 4–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zs4
沉积日期 deposition_date	2005-05-23
结构标题 title	Structure of bacteriophage lambda cII protein in complex with DNA
关键词 keywords	HELIX-TURN-HELIX, TRANSCRIPTION ACTIVATOR, transcription-DNA COMPLEX; transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.85 Å
零角强度 I(0) i0	63376200.00
分子量 molecular_weight	52005.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60803 Å³
包络体积 envelope_volume	81667 Å³
水化壳体积 shell_volume	26115 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.99 Å
包络 Rg envelope_rg	27.19 Å
形状 Rg shape_rg	26.77 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	3582
残基数 n_residues	370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9035
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3658000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA - 27mer
分子量 formula_weight	8264.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U
原子数 atom_count	4012

TACCTCGTTGCGTTTGTTTGCACGAAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA - 27mer
分子量 formula_weight	8318.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TATTCGTGCAAACAAACGCAACGAGGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Regulatory protein CII
分子量 formula_weight	9321.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

GSHMANKRNEALRIESALLNKIAMLGTEKTAEAVGVDKSQISRWKRDWIPKFSMLLAVLEWGVVDDDMARLARQVAAILTNKK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	417

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1zs4a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.9 — Bacteriophage CII protein

结构域编号 domain_id	d1zs4a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1zs4b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.9 — Bacteriophage CII protein

结构域编号 domain_id	d1zs4b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1zs4c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.9 — Bacteriophage CII protein

结构域编号 domain_id	d1zs4d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.9 — Bacteriophage CII protein

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1zs4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1zs4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1zs4C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1zs4D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.771 Å
晶胞边长 b length_b	97.132 Å
晶胞边长 c length_c	59.869 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/zs/1zs4/1zs4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zs/1zs4/1zs4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zs/1zs4/1zs4.dat

Structure of bacteriophage lambda cII protein in complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein CII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)