1zz5

Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zz5
沉积日期 deposition_date	2005-06-13
结构标题 title	Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative
关键词 keywords	Ribosome, RNA, A-site. double helix, restricted neomycin, cyclicneo, neocyclic; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.21 Å
零角强度 I(0) i0	20169700.00
分子量 molecular_weight	20987.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20368 Å³
包络体积 envelope_volume	31798 Å³
水化壳体积 shell_volume	13296 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.06 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	24.17 Å
总 Rg total_rg	24.52 Å
总原子数 total_atoms	1394
残基数 n_residues	58
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7226
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.635
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1385000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.427; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.158; Smooth: 0.950

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(GPUPGPGPUPGPAPAPGPUPCPGPCPGP*G)-3'
分子量 formula_weight	4904.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	1419

GUGGUGAAGUCGCGG

Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(CPGPCPGPUPCPAPCPAPCPCPAPCPC)-3'
分子量 formula_weight	4380.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D

CGCGUCACACCACC

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	;13,15-DIAMINO-2-(AMINOMETHYL)-3,4,9,12-TETRAHYDROXYHEXADECAHYDRO-2H-7,10-EPOXYPYRANO[2,3-B][1,10,4]BENZODIOXAZACYCLODODECIN-8-YL 2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXYHEXOPYRANOSIDE ;
分子量 formula_weight	596.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	50.740 Å
晶胞边长 b length_b	50.750 Å
晶胞边长 c length_c	144.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/zz/1zz5/1zz5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zz/1zz5/1zz5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zz/1zz5/1zz5.dat

Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)