SAXSdb — 1zzy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–108	突变：L7V	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：COUNTER-DIFFUSION；pH 3.8；295 K；10 mM AcNa pH 3.8, 25% (v/v) EtOH, 10 mM Ac2Cu, Counter-diffusion, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–108	突变：L7V	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：COUNTER-DIFFUSION；pH 3.8；295 K；10 mM AcNa pH 3.8, 25% (v/v) EtOH, 10 mM Ac2Cu, Counter-diffusion, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZZY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M7T Solution Structure and Dynamics of the Human-Escherichia coli Thioredoxin Chimera: Insights into Thermodynamic Stability 提交 2002-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 68–107（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K NMR样品组成 1 mM protein in 100 mM sodium phosphate buffer (pH 7.0), 20 M EDTA, 0.02% sodium azide, and 10% D2O. \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1OAZ IgE Fv SPE7 complexed with a recombinant thioredoxin 提交 2003-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–34（34 aa）片段：TRX-SHEAR3, RESIDUES 1-123 链 A 35–108（74 aa）片段：TRX-SHEAR3, RESIDUES 1-123	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；21% PEG 8K, 0.1M NA CACODYLATE, 0.2M NA ACETATE PH5.5, pH 5.00	分辨率 2.78 Å R-free 0.276
1OAZ IgE Fv SPE7 complexed with a recombinant thioredoxin 提交 2003-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–34（34 aa）片段：TRX-SHEAR3, RESIDUES 1-123 链 B 35–108（74 aa）片段：TRX-SHEAR3, RESIDUES 1-123	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；21% PEG 8K, 0.1M NA CACODYLATE, 0.2M NA ACETATE PH5.5, pH 5.00	分辨率 2.78 Å R-free 0.276
2BTO Structure of BtubA from Prosthecobacter dejongeii 提交 2005-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 T 1–108（108 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.6M NA K PHOSPHATE, PH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.235

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zzy
沉积日期 deposition_date	2005-06-15
结构标题 title	Crystal Structure of Thioredoxin Mutant L7V
关键词 keywords	Alpha/Beta, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.87 Å
零角强度 I(0) i0	8805820.00
分子量 molecular_weight	22910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29168 Å³
包络体积 envelope_volume	34406 Å³
水化壳体积 shell_volume	16561 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.28 Å
包络 Rg envelope_rg	17.76 Å
形状 Rg shape_rg	17.86 Å
总 Rg total_rg	18.83 Å
总原子数 total_atoms	1614
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8060e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8806000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1739000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zzya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d1zzyb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1zzyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1zzyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.658 Å
晶胞边长 b length_b	36.597 Å
晶胞边长 c length_c	42.836 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	78.43 °
晶胞夹角 β angle_beta	67.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.39 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	38.690 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2740

描述 description	Thioredoxin 1
分子量 formula_weight	11673.4 kDa
突变 mutation	L7V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1649

Crystal Structure of Thioredoxin Mutant L7V

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

fit	/app/data/saxs_computation/zz/1zzy/1zzy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zz/1zzy/1zzy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zz/1zzy/1zzy.dat