219d

;DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(GPCPTPAPTPAPAPSTPGPG)-3')(DOT) (5'-R(CPCPAPUPUPAPUPAPGPC)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY ;

Method: SOLUTION NMR D_max: 40.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	219d
沉积日期 deposition_date	1995-07-25
结构标题 title	;DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(GPCPTPAPTPAPAPSTPGPG)-3')(DOT) (5'-R(CPCPAPUPUPAPUPAPGPC)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY ;
关键词 keywords	DNA, RNA, HYBRID, PHOSPHOROTHIOATE, DNA-RNA COMPLEX, DNA-RNA HYBRID; DNA-RNA HYBRID
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.20 Å
零角强度 I(0) i0	2110660.00
分子量 molecular_weight	6204.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5957 Å³
包络体积 envelope_volume	7986 Å³
水化壳体积 shell_volume	6675 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.8 Å
壳层 Rg shell_rg	15.64 Å
包络 Rg envelope_rg	11.21 Å
形状 Rg shape_rg	11.03 Å
总 Rg total_rg	12.20 Å
总原子数 total_atoms	411
残基数 n_residues	19
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.8 Å
Rg (实空间) rg_real	11.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1110e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3110e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2111000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8619
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.239
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPAPTPAPAPTPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3100.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	411

描述 description	;RNA (5'-R(CPCPAPUPUPAPUPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3121.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

;DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(GPCPTPAPTPAPAPSTPGPG)-3')(DOT) (5'-R(CPCPAPUPUPAPUPAPGPC)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/19/219d/219d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/19/219d/219d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/19/219d/219d.dat

;DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*APS*TP*GP*G)-3')(DOT) (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*C)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

;DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(GPCPTPAPTPAPAPSTPGPG)-3')(DOT) (5'-R(CPCPAPUPUPAPUPAPGPC)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY ;