21hs

Crystal structure of d(CGTTAACG)2 in complex with N-[3-[4-[3-(acridin-9-ylamino)propyl]piperazin-1-yl]propyl]acridin-9-amine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 48.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21hs
沉积日期 deposition_date	2025-12-12
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	Crystal structure of d(CGTTAACG)2 in complex with N-[3-[4-[3-(acridin-9-ylamino)propyl]piperazin-1-yl]propyl]acridin-9-amine
关键词 keywords	DNA with a new diacridine intercalator, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.03 Å
零角强度 I(0) i0	1811580.00
分子量 molecular_weight	5136.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4263 Å³
包络体积 envelope_volume	7415 Å³
水化壳体积 shell_volume	6036 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.4 Å
壳层 Rg shell_rg	15.77 Å
包络 Rg envelope_rg	12.78 Å
形状 Rg shape_rg	12.06 Å
总 Rg total_rg	12.65 Å
总原子数 total_atoms	364
残基数 n_residues	16
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.9 Å
Rg (实空间) rg_real	12.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8120e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1690e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1812000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7565
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.584
峰度 Kurtosis kurtosis	0.512
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89060.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.406; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.642; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	23.681 Å
晶胞边长 b length_b	41.286 Å
晶胞边长 c length_c	43.294 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	21.650 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2556

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPTPAPAPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2426.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	397

Crystal structure of d(CGTTAACG)2 in complex with N-[3-[4-[3-(acridin-9-ylamino)propyl]piperazin-1-yl]propyl]acridin-9-amine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	N-[3-[4-[3-(acridin-9-ylamino)propyl]piperazin-1-yl]propyl]acridin-9-amine
分子量 formula_weight	554.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

fit	/app/data/saxs_computation/1h/21hs/21hs.fit
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