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21zd

Crystal structure of the petrobactin-binding protein FatB from Bacillus cereus in the apo-form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferric anguibactin-binding protein

Bacillus cereus ATCC 14579

UniProt Q815N5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–338 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.15M Potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG monomethyl ether 2000 分辨率 1.91 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 21ZD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21ZE Crystal structure of the petrobactin-binding protein FatB from Bacillus cereus complexed with ferric petrobactin 提交 2026-01-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–338（299 aa）
未记录 F8W 4-[4-[3-[[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]propylamino]butylamino]-2-[2-[4-[3-[[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]propylamino]butylamino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-butanoic acid × 1 FE FE (III) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M BICINE, pH 8.5, 36% (w/v) PEG 1000
分辨率 1.78 Å R-free 0.217
21ZF Crystal structure of the petrobactin-binding protein FatB from Bacillus cereus complexed with ferric petrobactin photoproduct, FePBv 提交 2026-01-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–338（299 aa）
未记录 A1MDH ~{N}-[3-[4-[[5-[4-[3-[[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]propylamino]butylamino]-5-oxidanyl-3-oxidanylidene-pent-4-enoyl]amino]butylamino]propyl]-3,4-bis(oxidanyl)benzamide × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M BICINE, pH 8.5, 28% (w/v) PEG 1000
分辨率 1.58 Å R-free 0.188
21ZG Crystal structure of the petrobactin-binding protein FatB from Bacillus cereus complexed with ferric siderophore mimic, Fe(3,4-DHB)2 提交 2026-01-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–338（299 aa）
未记录 DHB 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID × 2 FE FE (III) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；15% (v/v) 2-propanol, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 30% (w/v) PEG monomethyl ether 2000
分辨率 1.40 Å R-free 0.173

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q815N5_BACCR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–302； UniProt 40–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 21zd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 21zd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id21zd
沉积日期 deposition_date2026-01-04
结构标题 titleCrystal structure of the petrobactin-binding protein FatB from Bacillus cereus in the apo-form
关键词 keywordssiderophore-binding protein, substrate-binding protein, ABC transporter, METAL TRANSPORT PROTEIN; METAL TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.65 Å
零角强度 I(0) i016661900.00
分子量 molecular_weight31235.0 kDa
排除体积 excluded_volume39328 ų
包络体积 envelope_volume47538 ų
水化壳体积 shell_volume19776 ų
包络直径 envelope_diameter70.1 Å
壳层 Rg shell_rg26.45 Å
包络 Rg envelope_rg20.69 Å
形状 Rg shape_rg20.61 Å
总 Rg total_rg21.59 Å
总原子数 total_atoms4415
残基数 n_residues287
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8887
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.355
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4139000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.976
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)