23sf

Cryo-EM structure of icosahedrally averaged bacteriophage RAN69 capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 205.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	23sf
沉积日期 deposition_date	2026-02-15
结构标题 title	Cryo-EM structure of icosahedrally averaged bacteriophage RAN69 capsid
关键词 keywords	bacteriophage, RAN69, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.59 Å
零角强度 I(0) i0	1358570000.00
分子量 molecular_weight	305640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	381260 Å³
包络体积 envelope_volume	548160 Å³
水化壳体积 shell_volume	79755 Å³
包络直径 envelope_diameter	223.5 Å
壳层 Rg shell_rg	56.19 Å
包络 Rg envelope_rg	59.78 Å
形状 Rg shape_rg	58.64 Å
总 Rg total_rg	58.37 Å
总原子数 total_atoms	21507
残基数 n_residues	2782
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.3 Å
Rg (实空间) rg_real	58.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1357000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8619
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.399
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0007
最高正则化参数 α highest_alpha	76190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.737

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	decoration protein gp6
分子量 formula_weight	12978.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	21507

MAAIIAAKTADVQYAIVGTCQNLEKQVQPDYNVGFVGTTALTKLNTFFTYMQSQGYTATRAGTAFKDDGTLQARLFSILSQLSKTGYVALTGTGMPLGEGSGTAFDTSFTALQSAFVAATDAAE

Entity 2 polymer

描述 description	major capsid protein gp17
分子量 formula_weight	37696.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,B,K,D,E,F,H

MADTIYKAGLTRPHWAGAQSDVDVHLEVYQNEVDTRFQYQALFLGLSSQRSISGSNTYRIDRLNTSSVKGRRSGEALDSTPVRNDKMIIVVDTVLYIRNPIDYQDDWTGPDFLTEMGQNNGSEFAEVFDQAHLIQLIKGRSWVAPAHLKPAFNDGIEVGAAILVPGSTSATQLTQAEMEANAMNINLAHKAGIDELIKRKTPLADMVTLVDVDTYSRLLEHPKLLNIEFGPSNNDGYKDRRVVKMNGVPVVECTEFPTAAGTHPLGSAYTVTSDDALCRMVTFSKSKTLVTVEAKPFTSRIWDDEREFSNVLDCYAMYNIGLRRPDTAAVTKFTFTTKS

Entity 3 polymer

描述 description	decoration protein gp5
分子量 formula_weight	6172.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J,L

MAIAKATSAQQQELLRQLNILGKALYAILTQPQNVAQTGAAFDTKIAALEAAVAAVKAAS

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	7563

fit	/app/data/saxs_computation/3s/23sf/23sf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/3s/23sf/23sf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/3s/23sf/23sf.dat

Cryo-EM structure of icosahedrally averaged bacteriophage RAN69 capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)