SAXSdb — 23xk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/hydrogen exchanger 1

Homo sapiens

UniProt P19634

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–815 链 B； UniProt 1–815	未记录	HG0 N-[bis(azanyl)methylidene]-3-methylsulfonyl-4-propan-2-yl-benzamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 23XK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y4E NMR structure of transmembrane segment IV of the NHE1 isoform of the Na+/H+ exchanger 提交 2004-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–180（26 aa）片段：Transmembrane segment IV	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 303 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM TM IV, unlabelled; 1 mM DSS, CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v) \| CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v) NMR样品组成 2 mM TM IV, U-15N; 1 mM DSS, CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v) \| CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v)	分辨率未提供
23XM Cryo-EM structure of human sodium/proton antiporter NHE1 in complex with Eniporide in an outward-open conformation 提交 2026-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）	未记录	A1E6D Eniporide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
23XO Cryo-EM structure of human sodium/proton antiporter NHE1 in complex with Rimeporide in an outward-open conformation 提交 2026-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）	未记录	A1E6E ~{N}-carbamimidoyl-2-methyl-4,5-bis(methylsulfonyl)benzamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
2BEC Crystal structure of CHP2 in complex with its binding region in NHE1 and insights into the mechanism of pH regulation 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 503–545（43 aa）片段：residues 503-545	未记录	YT3 YTTRIUM (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 0.01M yttrium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
2E30 Solution structure of the cytoplasmic region of Na+/H+ exchanger 1 complexed with essential cofactor calcineurin B homologous protein 1 提交 2006-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 503–545（43 aa）片段：NHE1 fragment (503-545)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；310 K；离子强度（mmCIF原始值）30mM；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM CHP1/NHE1 U-15N, U-13C, 50mM Tris buffer, 99% D2O \| 99% D2O NMR样品组成 0.5mM CHP1/NHE1 60%2H, U-15N, U-13C, 50mM Tris buffer, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9mM CHP1/NHE1 U-15N, 50mM Tris buffer, 95% H2Om, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9mM CHP1/NHE1 U-15N, U-13C, 50mM Tris buffer, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5mM CHP1/NHE1 U-15N, 15%-13C, 50mM Tris buffer, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2HTG Structural and functional characterization of TM VII of the NHE1 isoform of the Na+/H+ exchanger 提交 2006-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 250–274（25 aa）片段：Transmembrane segment VII	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）~ 75 mM Na+/DPC-；压力 ambient NMR样品组成 ~ 1 mM peptide synthetic source 1 (unlabeled), 90% H2O/10% D2O, ~ 75 mM dodecylphosphocholine, 1.0 mM DSS \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 ~ 1 mM peptide synthetic source 2 (6 specific 15N labels), 90% H2O/10% D2O, ~ 75 mM dodecylphosphocholine, 1.0 mM DSS \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KBV Structural and functional analysis of TM XI of the NHE1 isoform of thE NA+/H+ exchanger 提交 2008-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 447–472（26 aa）片段：NHE1 transmembrane segment XI	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；压力 ambient NMR样品组成 150 mM DPC-1, 0.25 mM DSS-2, 2 mM TMXI-3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2L0E Structural and functional analysis of tm vi of the nhe1 isoform of the na+/h+ exchanger 提交 2010-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 226–250（25 aa）片段：transmembrane segment VI of NHE1, UNP residues 226-250	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 2 mM TM VI-1, 0.25 mM DSS-2, 150 mM [U-2H] DPC-3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MDF NMR structure of a two-transmembrane segment TM VI-VII of NHE1 提交 2013-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 226–274（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM [U-15N] entity, 5 % [U-2H] D2O, 0.25 mM [1,1,2,2,3,3-2H6] DSS, 95 % H2O, 75-150 mM [U-2H] dodecylphosphocholine, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1-2 mM [U-15N] entity, 100 % [U-2H] D2O, 0.25 mM [1,1,2,2,3,3-2H6] DSS, 75-150 mM [U-2H] dodecylphosphocholine, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2YGG Complex of CaMBR and CaM 提交 2011-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 622–689（68 aa）片段：CAM BINDING REGION, RESIDUES 622-689	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 3 CA CALCIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.23 Å R-free 0.232
6NUC Structure of Calcineurin in complex with NHE1 peptide 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 679–723（45 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG 600, 100 mM CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M MgCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
6NUF Structure of Calcineurin in complex with NHE1 peptide 提交 2019-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 679–723（45 aa）	突变：R698A, R700A	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% (v/v) PEG 600, 100 mM CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M MgCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
6NUU Structure of Calcineurin mutant in complex with NHE1 peptide 提交 2019-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 679–723（45 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG 600, 100 mM CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
6ZBI Ternary complex of Calmodulin bound to 2 molecules of NHE1 提交 2020-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 622–657（36 aa）链 C 622–657（36 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.15 mM Sodium/Hydrogen exchanger 1 (NHE1, SLC9A1), 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Sodium/Hydrogen exchanger 1 (NHE1, SLC9A1), 0.5 mM Calmodulin, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7DSV Structure of a human NHE1-CHP1 complex under pH 6.5 提交 2021-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 87–558（472 aa）链 B 87–558（472 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7DSW Structure of a human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5 提交 2021-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–506（420 aa）链 B 87–506（420 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7DSX Structure of a human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5, bound by cariporide 提交 2021-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–593（509 aa）链 B 85–593（509 aa）	未记录	PGT (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 6 HG0 N-[bis(azanyl)methylidene]-3-methylsulfonyl-4-propan-2-yl-benzamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9NXE Crystal Structure of Calcineurin Clinical Variant E282K 提交 2025-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 679–723（45 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；290 K；0.1 M CAPS pH 9, 0.2 M MgCl2 and 24% PEG 600	分辨率 2.09 Å R-free 0.243

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SL9A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–815； UniProt 1–815 作者链 B； PDB构建体 1–815； UniProt 1–815

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	23xk
沉积日期 deposition_date	2026-02-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of human sodium/proton antiporter NHE1 in complex with Cariporide in an outward-open conformation
关键词 keywords	sodium/proton antiporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.03 Å
零角强度 I(0) i0	103058000.00
分子量 molecular_weight	93558.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122370 Å³
包络体积 envelope_volume	149000 Å³
水化壳体积 shell_volume	40069 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.18 Å
包络 Rg envelope_rg	31.01 Å
形状 Rg shape_rg	31.03 Å
总 Rg total_rg	31.69 Å
总原子数 total_atoms	6632
残基数 n_residues	840
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/hydrogen exchanger 1
分子量 formula_weight	90866.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6632

MVLRSGICGLSPHRIFPSLLVVVALVGLLPVLRSHGLQLSPTASTIRSSEPPRERSIGDVTTAPPEVTPESRPVNHSVTDHGMKPRKAFPVLGIDYTHVRTPFEISLWILLACLMKIGFHVIPTISSIVPESCLLIVVGLLVGGLIKGVGETPPFLQSDVFFLFLLPPIILDAGYFLPLRQFTENLGTILIFAVVGTLWNAFFLGGLMYAVCLVGGEQINNIGLLDNLLFGSIISAVDPVAVLAVFEEIHINELLHILVFGESLLNDAVTVVLYHLFEEFANYEHVGIVDIFLGFLSFFVVALGGVLVGVVYGVIAAFTSRFTSHIRVIEPLFVFLYSYMAYLSAELFHLSGIMALIASGVVMRPYVEANISHKSHTTIKYFLKMWSSVSETLIFIFLGVSTVAGSHHWNWTFVISTLLFCLIARVLGVLGLTWFINKFRIVKLTPKDQFIIAYGGLRGAIAFSLGYLLDKKHFPMCDLFLTAIITVIFFTVFVQGMTIRPLVDLLAVKKKQETKRSINEEIHTQFLDHLLTGIEDICGHYGHHHWKDKLNRFNKKYVKKCLIAGERSKEPQLIAFYHKMEMKQAIELVESGGMGKIPSAVSTVSMQNIHPKSLPSERILPALSKDKEEEIRKILRNNLQKTRQRLRSYNRHTLVADPYEEAWNQMLLRRQKARQLEQKINNYLTVPAHKLDSPTMSRARIGSDPLAYEPKEDLPVITIDPASPQSPESVDLVNEELKGKVLGLSRDPAKVAEEDEDDDGGIMMRSKETSSPGTDDVFTPAPSDSPSSQRIQRCLSDPGPHPEPGEGEPFFPKGQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[bis(azanyl)methylidene]-3-methylsulfonyl-4-propan-2-yl-benzamide
分子量 formula_weight	283.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189393

fit	/app/data/saxs_computation/3x/23xk/23xk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/3x/23xk/23xk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/3x/23xk/23xk.dat

Cryo-EM structure of human sodium/proton antiporter NHE1 in complex with Cariporide in an outward-open conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/hydrogen exchanger 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)