SAXSdb — 2a18

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

Synechocystis sp.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–111 链 B； UniProt 1–111 链 C； UniProt 1–111	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M sodium citrate, pH 4.6, 30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.28 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2A18	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2A10 carboxysome shell protein ccmK4 提交 2005-06-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–111（111 aa）链 B 1–111（111 aa）链 C 1–111（111 aa）链 D 1–111（111 aa）链 E 1–111（111 aa）链 F 1–111（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；25% ethylene glycol, 20 mM Tris, 100mM NaCl, 10 mM EDTA, 5mM DTT, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
3GV2 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 B 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 C 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 D 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 E 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 F 1–110（110 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK	突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 600 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 7.00 Å R-free 0.323
6SCR Structure of CcmK4 from Synechocystis sp. PCC6803 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 3–112（110 aa）链 B 3–112（110 aa）	突变：MAHHHHASGENLYFQGAMA is an added Nterminal tag 突变：MAHHHHASGENLYFQGAMA is an added Nterminal tag	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；285 K；22 % (w/v) PEG 4000 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate at pH 4.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.192

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMK4_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–112； UniProt 1–111 作者链 B； PDB构建体 2–112； UniProt 1–111 作者链 C； PDB构建体 2–112； UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a18
沉积日期 deposition_date	2005-06-18
结构标题 title	carboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2
关键词 keywords	cyclic hexamer; c6 point symmetry, carboxysome; carboxysome
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.33 Å
零角强度 I(0) i0	18583200.00
分子量 molecular_weight	33041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41624 Å³
包络体积 envelope_volume	49399 Å³
水化壳体积 shell_volume	19939 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.60 Å
包络 Rg envelope_rg	21.75 Å
形状 Rg shape_rg	21.33 Å
总 Rg total_rg	22.20 Å
总原子数 total_atoms	2328
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6911
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3656000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.991

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
分子量 formula_weight	13454.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2408

MSAQSAVGSIETIGFPGILAAADAMVKAGRITIVGYIRAGSARFTLNIRGDVQEVKTAMAAGIDAINRTEGADVKTWVIIPRPHENVVAVLPIDFSPEVEPFREAAEGLNRRGVPRGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2a18a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.56 — CcmK-like
家族 Family family	d.58.56.1 — CcmK-like

结构域编号 domain_id	d2a18b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.56 — CcmK-like
家族 Family family	d.58.56.1 — CcmK-like

结构域编号 domain_id	d2a18c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.56 — CcmK-like
家族 Family family	d.58.56.1 — CcmK-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2a18A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1710 — BMC (bacterial microcompartment) domain

结构域编号 domain_id	2a18B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1710 — BMC (bacterial microcompartment) domain

结构域编号 domain_id	2a18C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1710 — BMC (bacterial microcompartment) domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	70.549 Å
晶胞边长 b length_b	125.040 Å
晶胞边长 c length_c	32.521 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	62.500 Å
R 因子 r_factor	0.2036
R_work r_work	0.2026
R_free r_free	0.2224

fit	/app/data/saxs_computation/a1/2a18/2a18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/2a18/2a18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/2a18/2a18.dat

carboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction