2a25

Crystal structure of Siah1 SBD bound to the peptide EKPAAVVAPITTG from SIP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin ligase SIAH1

Homo sapiens

UniProt Q8IUQ4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Calcyclin-binding protein peptide × 2 (Q9HB71) ZINC ION × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIAH1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–193; UniProt 90–282

Calcyclin-binding protein peptide

物种未注明

UniProt Q9HB71

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Ubiquitin ligase SIAH1 × 2 (Q8IUQ4) ZINC ION × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYBP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–13; UniProt 58–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2a25
沉积日期 deposition_date2005-06-21
结构标题 titleCrystal structure of Siah1 SBD bound to the peptide EKPAAVVAPITTG from SIP
关键词 keywordsProtein-peptide complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2a25__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2a25__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2a25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.57 Å
Rg(电子密度)21.68 Å
总 Rg22.69 Å
原子数2440
残基数310
排除体积43671 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2a25__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2a25a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family familyb.8.1.2 — SIAH, seven in absentia homolog

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2a25A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id2a25A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
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7. 引用文献 (1)