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2a57

Structure of 6,7-Dimthyl-8-ribityllumazine synthase from Schizosaccharomyces pombe mutant W27Y with bound ligand 6-carboxyethyl-7-oxo-8-ribityllumazine

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q9UUB1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 5 3-[8-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-2,4,7-TRIOXO-1,3,8-TRIHYDROPTERIDIN-6-YL]PROPANOIC ACID × 5 PHOSPHATE ION × 5 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 10 3-[8-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-2,4,7-TRIOXO-1,3,8-TRIHYDROPTERIDIN-6-YL]PROPANOIC ACID × 10 PHOSPHATE ION × 10 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1kyv 1kyv 1kyx 1kyx 1kyy 1kyy 1kz1 1kz1 1kz4 1kz4 1kz6 1kz6

共 19 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIB4_SCHPO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2a57
沉积日期 deposition_date2005-06-30
结构标题 titleStructure of 6,7-Dimthyl-8-ribityllumazine synthase from Schizosaccharomyces pombe mutant W27Y with bound ligand 6-carboxyethyl-7-oxo-8-ribityllumazine
关键词 keywords6, 7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase, riboflavin, riboflavin biosynthesis, LUSY, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2a57__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2a57__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2a57__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）27.22 Å
Rg（电子密度）26.19 Å
总 Rg27.05 Å
原子数5685
残基数730
排除体积101460 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2a57__assembly_1__model_1 pentameric （5） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2a57__assembly_2__model_1 decameric （10） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2a57a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd2a57b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd2a57c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd2a57d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase
结构域编号 domain_idd2a57e_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamilyc.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family familyc.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2a57A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id2a57B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id2a57C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id2a57D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id2a57E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
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7. 引用文献 (1)