2a6q

Crystal structure of YefM-YoeB complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antitoxin yefM

Escherichia coli

UniProt P69346

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Toxin yoeB × 1 (P69348) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Toxin yoeB × 1 (P69348) water × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Toxin yoeB × 2 (P69348) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YEFM_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–86; UniProt 1–83 作者链 B; PDB构建体 4–86; UniProt 1–83 作者链 C; PDB构建体 4–86; UniProt 1–83 作者链 D; PDB构建体 4–86; UniProt 1–83

Toxin yoeB

Escherichia coli

UniProt P69348

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Antitoxin yefM × 2 (P69346) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Antitoxin yefM × 2 (P69346) water × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Antitoxin yefM × 4 (P69346) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YOEB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 F; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2a6q
沉积日期 deposition_date2005-07-04
结构标题 titleCrystal structure of YefM-YoeB complex
关键词 keywordsYoeB, YefM, toxin, antitoxin, addiction modules, RNase, inhibitor, TOXIN INHIBITOR-TOXIN COMPLEX; TOXIN INHIBITOR/TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2a6q__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2a6q__assembly_3__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2a6q__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.67 Å
Rg(电子密度)22.58 Å
总 Rg23.49 Å
原子数3688
残基数456
排除体积65393 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2a6q__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2a6q__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2a6q__assembly_3__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd2a6qa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamilyd.306.1 — YefM-like
家族 Family familyd.306.1.1 — YefM-like
结构域编号 domain_idd2a6qa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2a6qb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamilyd.306.1 — YefM-like
家族 Family familyd.306.1.1 — YefM-like
结构域编号 domain_idd2a6qb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2a6qc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamilyd.306.1 — YefM-like
家族 Family familyd.306.1.1 — YefM-like
结构域编号 domain_idd2a6qc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2a6qd2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamilyd.306.1 — YefM-like
家族 Family familyd.306.1.1 — YefM-like
结构域编号 domain_idd2a6qd3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2a6qe1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamilyd.298.1 — RelE-like
家族 Family familyd.298.1.1 — YoeB/Txe-like
结构域编号 domain_idd2a6qf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamilyd.298.1 — RelE-like
家族 Family familyd.298.1.1 — YoeB/Txe-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2a6qA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YefM-like domain
结构域编号 domain_id2a6qA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 —
结构域编号 domain_id2a6qB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YefM-like domain
结构域编号 domain_id2a6qC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YefM-like domain
结构域编号 domain_id2a6qC02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 —
结构域编号 domain_id2a6qD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YefM-like domain
结构域编号 domain_id2a6qE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RelE-like
结构域编号 domain_id2a6qF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RelE-like
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7. 引用文献 (1)