SAXSdb — 2a72

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulator of G-protein signalling 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 320–463 链 B； UniProt 320–463	片段：RESIDUES 320-463	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, (NH4)2SO4, BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2A72	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D9J Solution structure of the RGS domain of Regulator of G-protein signaling 7 提交 2005-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 323–448（126 aa）片段：RGS domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.33mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7EWP Cryo-EM structure of human GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:1:1 ratio 提交 2021-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–495（495 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7EWR Cryo-EM structure of human GPR158 in complex with RGS7-Gbeta5 in a 2:2:2 ratio 提交 2021-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–495（495 aa）链 E 1–495（495 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
7SHF Cryo-EM structure of GPR158 coupled to the RGS7-Gbeta5 complex 提交 2021-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–469（469 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 22 EIJ (2S)-1-{[(S)-hydroxy{[(1s,2R,3R,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,14E)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–146； UniProt 320–463 作者链 B； PDB构建体 3–146； UniProt 320–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a72
沉积日期 deposition_date	2005-07-04
结构标题 title	Structure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS7
关键词 keywords	;Human RGS7, regulator of G-protein signaling 7, GTPase-activating proteins (GAP), Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.26 Å
零角强度 I(0) i0	16102800.00
分子量 molecular_weight	30664.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38394 Å³
包络体积 envelope_volume	48690 Å³
水化壳体积 shell_volume	17971 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.56 Å
包络 Rg envelope_rg	25.80 Å
形状 Rg shape_rg	25.23 Å
总 Rg total_rg	25.92 Å
总原子数 total_atoms	2168
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.604
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3751000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.491; Smooth: 0.911

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Regulator of G-protein signalling 7
分子量 formula_weight	17138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2413

SMKEPSQQRVKRWGFGMDEALKDPVGREQFLKFLESEFSSENLRFWLAVEDLKKRPIKEVPSRVQEIWQEFLAPGAPSAINLDSKSYDKTTHNVKEPGRYTFEDAQEHIYKLMKSDSYPRFIRSSAYQELLQAKKKSGNSMDRRTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	231

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2a72a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamily	a.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family family	a.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2a72a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2a72b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamily	a.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family family	a.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2a72b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2a72A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2

结构域编号 domain_id	2a72B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.915 Å
晶胞边长 b length_b	106.033 Å
晶胞边长 c length_c	52.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	53.000 Å
R 因子 r_factor	0.1876
R_work r_work	0.1842
R_free r_free	0.2489

fit	/app/data/saxs_computation/a7/2a72/2a72.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a7/2a72/2a72.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a7/2a72/2a72.dat

Structure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulator of G-protein signalling 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction