2a7w

Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum (ATCC 12472). NESG TARGET CVR7

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase

Chromobacterium violaceum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIS2_CHRVO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 D； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 F； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 G； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 H； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 I； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 J； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 K； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 L； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a7w
沉积日期 deposition_date	2005-07-06
结构标题 title	Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum (ATCC 12472). NESG TARGET CVR7
关键词 keywords	;PHOSPHORIBOSYL-ATP PYROPHOSPHATASE, STRUCTURAL GENOMICS, PSI, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, NESG, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2a7w__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2a7w__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2a7w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.23 Å
Rg（电子密度）	21.03 Å
总 Rg	21.86 Å
原子数	2908
残基数	352
排除体积	51935 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2a7w__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2a7w__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2a7w__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2a7wa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7we_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

结构域编号 domain_id	d2a7wl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.204 — all-alpha NTP pyrophosphatases
超家族 Superfamily superfamily	a.204.1 — all-alpha NTP pyrophosphatases
家族 Family family	a.204.1.4 — HisE-like (PRA-PH)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2a7wA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

结构域编号 domain_id	2a7wL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 — MazG-like

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晶胞边长 a length_a	97.938 Å
晶胞边长 b length_b	67.544 Å
晶胞边长 c length_c	113.512 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.310 Å
R 因子 r_factor	0.2582
R_work r_work	0.2582
R_free r_free	0.2799

描述 description	Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
分子量 formula_weight	13418.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	9063

Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum (ATCC 12472). NESG TARGET CVR7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2a7w__assembly_2__model_1

2a7w__assembly_2__model_1 | I(q)

2a7w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Chromobacterium violaceum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	339

Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum (ATCC 12472). NESG TARGET CVR7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2a7w__assembly_2__model_1

2a7w__assembly_2__model_1 | I(q)

2a7w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)