SAXSdb — 2a9b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sulfite Oxidase

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 2 MOLYBDENUM ATOM × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUOX_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–372； UniProt 95–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a9b
沉积日期 deposition_date	2005-07-11
结构标题 title	Crystal structure of R138Q mutant of recombinant sulfite oxidase at resting state
关键词 keywords	sulfite oxidase; molybdopterin; molybdenum; mutant; R160Q, R138Q, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2a9b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2a9b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2a9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.48 Å
Rg（电子密度）	26.61 Å
总 Rg	27.36 Å
原子数	5790
残基数	744
排除体积	102010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2a9b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sulfite Oxidase
分子量 formula_weight	40604.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.3.1
突变 mutation	R138Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3110

DPFAGDPPRHPGLRVNSQKPFNAEPPAELLAERFLTPNELFFTQNHLPVPAVEPSSYRLRVDGPGGGTLSLSLAELRSRFPKHEVTATLQCAGNRRSEMSRVRPVKGLPWDIGAISTARWGGARLRDVLLHAGFPEELQGEWHVCFEGLDADPGGAPYGASIPYGRALSPAADVLLAYEMNGTELPRDHGFPVRVVVPGVVGARSVKWLRRVAVSPDESPSHWQQNDYKGFSPCVDWDTVDYRTAPAIQELPVQSAVTQPRPGAAVPPGELTVKGYAWSGGGREVVRVDVSLDGGRTWKVARLMGDKAPPGRAWAWALWELTVPVEAGTELEIVCKAVDSSYNVQPDSVAPIWNLRGVLSTAWHRVRVSVQD

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER
分子量 formula_weight	395.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM ATOM
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2a9ba1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.6 — Molybdenum-containing oxidoreductases-like dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d2a9ba2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family family	d.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2a9bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain

结构域编号 domain_id	2a9bA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 —

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晶胞边长 a length_a	86.109 Å
晶胞边长 b length_b	86.109 Å
晶胞边长 c length_c	153.825 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.503 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1580
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.2020

Crystal structure of R138Q mutant of recombinant sulfite oxidase at resting state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sulfite Oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2a9b__assembly_1__model_1

2a9b__assembly_1__model_1 | I(q)

2a9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of R138Q mutant of recombinant sulfite oxidase at resting state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sulfite Oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2a9b__assembly_1__model_1

2a9b__assembly_1__model_1 | I(q)

2a9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)