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2abd

THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN FROM BOVINE LIVER. STRUCTURAL REFINEMENT USING HETERONUCLEAR MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN

Bos taurus

UniProt P07107

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–86 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2ABD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ACA THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN AND PALMITOYL-COENZYME A 提交 1992-11-17 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 COA COENZYME A × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1HB6 Structure of bovine Acyl-CoA binding protein in orthorhombic crystal form 提交 2001-04-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；15% PEG8000, 5MMCDCL2, 10MM HEPES PH7.5, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1HB8 Structure of bovine Acyl-CoA binding protein in tetragonal crystal form 提交 2001-04-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG5000 MME, 40MM NI(SO4)2, 40MM HEPES PH7.5, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1HB8 Structure of bovine Acyl-CoA binding protein in tetragonal crystal form 提交 2001-04-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG5000 MME, 40MM NI(SO4)2, 40MM HEPES PH7.5, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1HB8 Structure of bovine Acyl-CoA binding protein in tetragonal crystal form 提交 2001-04-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–86（86 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG5000 MME, 40MM NI(SO4)2, 40MM HEPES PH7.5, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1NTI RDC-refined NMR structure of bovine Acyl-coenzyme A Binding Protein, ACBP 提交 2003-01-30 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）no salt added；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM recombinant bovine ACBP, 5% 3:1 [DMPC:DHPC], pH 6.5 | 10% D2O, 90% H2O
NMR样品组成 0.5mM recombinant bovine ACBP, pH 6.5 | 10% D2O, 90% H2O
分辨率未提供
1NVL RDC-refined NMR structure of bovine Acyl-coenzyme A Binding Protein, ACBP, in complex with palmitoyl-coenzyme A 提交 2003-02-04 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa）
未记录 COA COENZYME A × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）no salt added；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）no salt added；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM ACBP, pH 6.5, 0.5 mM palmitoyl-coenzyme A, 5% (3:1) [DMPC:DHPC], 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM ACBP, pH 6.5, 0.5 mM palmitoyl-coenzyme A, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACBP_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2abd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2abd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2abd
沉积日期 deposition_date1993-03-05
结构标题 titleTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN FROM BOVINE LIVER. STRUCTURAL REFINEMENT USING HETERONUCLEAR MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY
关键词 keywordsACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN; ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.80 Å
零角强度 I(0) i01097160000.00
分子量 molecular_weight287460.0 kDa
排除体积 excluded_volume361690 ų
包络体积 envelope_volume21810 ų
水化壳体积 shell_volume12607 ų
包络直径 envelope_diameter51.3 Å
壳层 Rg shell_rg20.44 Å
包络 Rg envelope_rg15.34 Å
形状 Rg shape_rg12.73 Å
总 Rg total_rg13.14 Å
总原子数 total_atoms40339
残基数 n_residues2494
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.3 Å
Rg (实空间) rg_real12.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1097000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8927
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary13.1 Å
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.622
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha141600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.706
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2abda_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.11.1 — Acyl-CoA binding protein
家族 Family familya.11.1.1 — Acyl-CoA binding protein

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2abdA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)