2aes

Crystal Structure of Human M340H-Beta1,4-Galactosyltransferase-I (M340H-B4Gal-T1) in Complex with GlcNAc-beta1,2-Man-alpha1,3-Man-beta-OR

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,4-galactosyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SULFATE ION × 4 6-AMINOHEXYL-URIDINE-C1,5'-DIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SULFATE ION × 6 6-AMINOHEXYL-URIDINE-C1,5'-DIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 4 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SULFATE ION × 3 6-AMINOHEXYL-URIDINE-C1,5'-DIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B4GT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–287； UniProt 125–397 作者链 B； PDB构建体 15–287； UniProt 125–397 作者链 C； PDB构建体 15–287； UniProt 125–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aes
沉积日期 deposition_date	2005-07-23
结构标题 title	Crystal Structure of Human M340H-Beta1,4-Galactosyltransferase-I (M340H-B4Gal-T1) in Complex with GlcNAc-beta1,2-Man-alpha1,3-Man-beta-OR
关键词 keywords	beta1, 4-Galactosyltransferase-I; Trisaccharide; 13arm; Closed conformation; Mutant, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2aes__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2aes__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2aes__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.90 Å
Rg（电子密度）	17.73 Å
总 Rg	18.80 Å
原子数	2320
残基数	272
排除体积	41085 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2aes__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2aes__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2aes__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-1,4-galactosyltransferase 1
分子量 formula_weight	32773.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.90
突变 mutation	M340H, C338T, R337T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7401

ASMTGGQQMGRGSASLPACPEESPLLVGPMLIEFNMPVDLELVAKQNPNVKMGGRYAPRDCVSPHKVAIIIPFRNRQEHLKYWLYYLHPVLQRQQLDYGIYVINQAGDTIFNRAKLLNVGFQEALKDYDYTCFVFSDVDLIPMNDHNAYRCFSQPRHISVAMDKFGFSLPYVQYFGGVSALSKQQFLTINGFPNNYWGWGGEDDDIFNRLVFRGMSISRPNAVVGTTRHIRHSRDKKNEPNPQRFDRIAHTKETMLSDGLNSLTYQVLDVQRYPLYTQITVDIGTPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	545.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	6-AMINOHEXYL-URIDINE-C1,5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	503.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	424

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2aesa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

结构域编号 domain_id	d2aesb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

结构域编号 domain_id	d2aesc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2aesA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	2aesB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	2aesC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

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晶胞边长 a length_a	107.159 Å
晶胞边长 b length_b	192.989 Å
晶胞边长 c length_c	143.428 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2320

Crystal Structure of Human M340H-Beta1,4-Galactosyltransferase-I (M340H-B4Gal-T1) in Complex with GlcNAc-beta1,2-Man-alpha1,3-Man-beta-OR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,4-galactosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2aes__assembly_1__model_1

2aes__assembly_1__model_1 | I(q)

2aes__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human M340H-Beta1,4-Galactosyltransferase-I (M340H-B4Gal-T1) in Complex with GlcNAc-beta1,2-Man-alpha1,3-Man-beta-OR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-1,4-galactosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2aes__assembly_1__model_1

2aes__assembly_1__model_1 | I(q)

2aes__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)