SAXSdb — 2ai3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ai3
沉积日期 deposition_date	2005-07-28
结构标题 title	Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen
关键词 keywords	purine nucleoside phosphorylase, multisubstrate analog inhibitor, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.20 Å
零角强度 I(0) i0	17423600.00
分子量 molecular_weight	30997.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38536 Å³
包络体积 envelope_volume	44594 Å³
水化壳体积 shell_volume	20124 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.80 Å
包络 Rg envelope_rg	18.46 Å
形状 Rg shape_rg	18.20 Å
总 Rg total_rg	19.13 Å
总原子数 total_atoms	2173
残基数 n_residues	272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8185
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4195000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Purine nucleoside phosphorylase
分子量 formula_weight	32127.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2348

MQNGYTYEDYQDTAKWLLSHTEQRPQVAVICGSGLGGLVNKLTQAQTFDYSEIPNFPESTVPGHAGRLVFGILNGRACVMMQGRFHMYEGYPFWKVTFPVRVFRLLGVETLVVTNAAGGLNPNFEVGDIMLIRDHINLPGFSGENPLRGPNEERFGVRFPAMSDAYDRDMRQKAHSTWKQMGEQRELQEGTYVMLGGPNFETVAECRLLRNLGADAVGMSTVPEVIVARHCGLRVFGFSLITNKVIMDYESQGKANHEEVLEAGKQAAQKLEQFVSLLMASIPVSGHTG

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YLPHOSPHONI C ACID
分子量 formula_weight	375.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ai3a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ai3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	93.992 Å
晶胞边长 b length_b	93.992 Å
晶胞边长 c length_c	93.992 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	31.330 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/ai/2ai3/2ai3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ai/2ai3/2ai3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ai/2ai3/2ai3.dat

Purine nucleoside phosphorylase from calf spleen

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction