2aj3

Crystal Structure of a Cross-Reactive HIV-1 Neutralizing CD4-Binding Site Antibody Fab m18

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 193.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab m18, Light Chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–236	未记录	Fab m18, Heavy Chain × 1 （Q6GMX1） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 25–236	未记录	Fab m18, Heavy Chain × 1 （Q6GMX1） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 25–236	未记录	Fab m18, Heavy Chain × 1 （Q6GMX1） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AJ3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HFG Crystal structure of hBR3 bound to CB3s-Fab 提交 2006-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 23–236（214 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Drops contained 2.1 microliters protein solution (pH 6.5) and 2.9 microliters of (0.1M citric acid pH 3.0, 24% PEG 3350, and 0.1 M Praseodymium (III) acetate) over a reservoir of 24% PEG 3350. pH of final drop ~4.5.	分辨率 2.61 Å R-free 0.252

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6PIH7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–213； UniProt 25–236 作者链 C； PDB构建体 2–213； UniProt 25–236 作者链 E； PDB构建体 2–213； UniProt 25–236

Fab m18, Heavy Chain

Homo sapiens

UniProt Q6GMX1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–252	未记录	Fab m18, Light Chain × 1 （Q6PIH7） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 21–252	未记录	Fab m18, Light Chain × 1 （Q6PIH7） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–252	未记录	Fab m18, Light Chain × 1 （Q6PIH7） SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；292 K；100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–227； UniProt 21–252 作者链 D； PDB构建体 1–227； UniProt 21–252 作者链 F； PDB构建体 1–227； UniProt 21–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aj3
沉积日期 deposition_date	2005-08-01
结构标题 title	Crystal Structure of a Cross-Reactive HIV-1 Neutralizing CD4-Binding Site Antibody Fab m18
关键词 keywords	HIV, antibody, Fab, CD4-binding, immunoglobulin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.49 Å
零角强度 I(0) i0	301657000.00
分子量 molecular_weight	141970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176870 Å³
包络体积 envelope_volume	260230 Å³
水化壳体积 shell_volume	43918 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.10 Å
包络 Rg envelope_rg	59.42 Å
形状 Rg shape_rg	59.48 Å
总 Rg total_rg	59.07 Å
总原子数 total_atoms	9998
残基数 n_residues	1280
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.4 Å
Rg (实空间) rg_real	59.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	300500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6606
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.642
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9902000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.418; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.170; Smooth: 0.159

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab m18, Light Chain
分子量 formula_weight	23441.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	10497

LQMTQSPSFLSASVGDRVSITCRASQDIQKFLAWYQLTPGDAPKLLMYSASTLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISGLQPEDFATYYCQHLKRYPYTFGQGTKLEISRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDNKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab m18, Heavy Chain
分子量 formula_weight	24423.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

VQLLESGPGVVKPSETLSLTCTVSGASVNNYYWTWVRQPPGKGLEWIGNVYDSGDTNYNPSLSSRLSLSMDTSKNQFSLRLSSVTAADTATYYCARYHRHFIRGPLSFDYWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTSALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	499

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2aj3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2aj3a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aj3b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2aj3c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2aj3c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aj3d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2aj3e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2aj3e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aj3f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2aj3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aj3F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	48.599 Å
晶胞边长 b length_b	82.620 Å
晶胞边长 c length_c	187.204 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	29.250 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/aj/2aj3/2aj3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aj/2aj3/2aj3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aj/2aj3/2aj3.dat

Crystal Structure of a Cross-Reactive HIV-1 Neutralizing CD4-Binding Site Antibody Fab m18

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab m18, Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab m18, Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)