2anu

Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein TM0559

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	ZINC ION × 48 CHLORIDE ION × 30 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 24 CHLORIDE ION × 15 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 18	ZINC ION × 72 CHLORIDE ION × 45 water × 18	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 24 CHLORIDE ION × 15 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	ZINC ION × 24 CHLORIDE ION × 15 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WZ29_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243 作者链 C； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243 作者链 D； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243 作者链 E； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243 作者链 F； PDB构建体 13–255； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2anu
沉积日期 deposition_date	2005-08-11
结构标题 title	Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution
关键词 keywords	;tm0559, Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family), Structural Genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2anu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2anu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2anu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.90 Å
Rg（电子密度）	45.10 Å
总 Rg	45.42 Å
原子数	21900
残基数	2613
排除体积	391610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2anu__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2anu__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2anu__assembly_3__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2anu__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2anu__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	hypothetical protein TM0559
分子量 formula_weight	30399.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	11171

MGSDKIHHHHHHMKTDTEWLLCDFHVHTNMSDGHLPLGEVVDLFGKHGVDVVSITDHIVDRRTLEQRKRNGEPLGAITEDKFQDYLKRLWREQKRAWEEYGMILIPGVEITNNTDLYHIVAVDVKEYVDPSLPVEEIVEKLKEQNALVIAAHPDRKKQDEEHLSWYLWANMERFKDTFDAWEIANRDDLFNSVGVKKYRYVANSDFHELWHVYSWKTLVKSEKNIEAIKEAIRKNTDVAIYLMRKNRLSSLSDVI

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2anua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

结构域编号 domain_id	d2anub_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

结构域编号 domain_id	d2anuc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

结构域编号 domain_id	d2anud_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

结构域编号 domain_id	d2anue_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

结构域编号 domain_id	d2anuf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.3 — PHP domain-like
家族 Family family	c.6.3.1 — PHP domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2anuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2anuB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2anuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2anuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2anuE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2anuF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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晶胞边长 a length_a	111.307 Å
晶胞边长 b length_b	111.307 Å
晶胞边长 c length_c	383.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2200

Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein TM0559

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2anu__assembly_1__model_1

2anu__assembly_1__model_1 | I(q)

2anu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein TM0559

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2anu__assembly_1__model_1

2anu__assembly_1__model_1 | I(q)

2anu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)