2aq3

Crystal structure of T-cell receptor V beta domain variant complexed with superantigen SEC3

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell receptor beta chain V

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Enterotoxin type C-3 × 4 （P0A0L5） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVB5_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–112； UniProt 9–122 作者链 C； PDB构建体 3–112； UniProt 9–122 作者链 E； PDB构建体 3–112； UniProt 9–122 作者链 G； PDB构建体 3–112； UniProt 9–122

Enterotoxin type C-3

Staphylococcus aureus

UniProt P0A0L5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	T-cell receptor beta chain V × 4 （P04213） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTC3_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–237； UniProt 28–266 作者链 D； PDB构建体 1–237； UniProt 28–266 作者链 F； PDB构建体 1–237； UniProt 28–266 作者链 H； PDB构建体 1–237； UniProt 28–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aq3
沉积日期 deposition_date	2005-08-17
结构标题 title	Crystal structure of T-cell receptor V beta domain variant complexed with superantigen SEC3
关键词 keywords	T-CELL RECEPTOR V BETA DOMAIN, STAPHLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3, COMPLEX STRUCTURE, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2aq3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2aq3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2aq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.50 Å
Rg（电子密度）	41.38 Å
总 Rg	41.66 Å
原子数	10957
残基数	1376
排除体积	193340 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2aq3__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell receptor beta chain V
分子量 formula_weight	12121.4 kDa
突变 mutation	G17E, L81S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11155

ILEAAVTQSPRNKVAVTGEKVTLSCQQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQEQFSLILESATPSQTSVYFCASGGGGTLYFGAGTRLSVL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Enterotoxin type C-3
分子量 formula_weight	27409.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

ESQPDPMPDDLHKSSEFTGTMGNMKYLYDDHYVSATKVKSVDKFLAHDLIYNISDKKLKNYDKVKTELLNEDLAKKYKDEVVDVYGSNYYVNCYFSSKDGKVTGGKTCMYGGITKHEGNHFDNGNLQNVLVRVYENKRNTISFEVQTDKKSVTAQELDIKARNFLINKKNLYEFNSSPYETGYIKFIENNGNTFWYDMMPAPGDKFDQSKYLMMYNDNKTVDSKSVKIEVHLTTKNG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2aq3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aq3b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aq3d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aq3f1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3f2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2aq3h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2aq3h2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2aq3A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aq3B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2aq3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2aq3C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aq3D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2aq3D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2aq3E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aq3F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2aq3F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2aq3G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2aq3H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2aq3H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

▶

晶胞边长 a length_a	64.160 Å
晶胞边长 b length_b	70.460 Å
晶胞边长 c length_c	98.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	74.18 °
晶胞夹角 β angle_beta	75.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.40 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2710

Crystal structure of T-cell receptor V beta domain variant complexed with superantigen SEC3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell receptor beta chain V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Enterotoxin type C-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2aq3__assembly_1__model_1

2aq3__assembly_1__model_1 | I(q)

2aq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of T-cell receptor V beta domain variant complexed with superantigen SEC3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell receptor beta chain V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enterotoxin type C-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2aq3__assembly_1__model_1

2aq3__assembly_1__model_1 | I(q)

2aq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)