2aro

Crystal Structure Of The Native Histone Octamer To 2.1 Angstrom Resolution, Crystalised In The Presence Of S-Nitrosoglutathione

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A-IV

物种未注明

UniProt P02263

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 Histone H2B × 2 (P02279) HISTONE H3 × 2 (P84229) HISTONE H4-VI × 2 (P62801) PHOSPHATE ION × 5 CHLORIDE ION × 23 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A4_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 0–128 作者链 E; PDB构建体 1–129; UniProt 0–128

Histone H2B

物种未注明

UniProt P02279

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 Histone H2A-IV × 2 (P02263) HISTONE H3 × 2 (P84229) HISTONE H4-VI × 2 (P62801) PHOSPHATE ION × 5 CHLORIDE ION × 23 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–126; UniProt 0–125 作者链 F; PDB构建体 1–126; UniProt 0–125

HISTONE H3

物种未注明

UniProt P84229

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 Histone H2A-IV × 2 (P02263) Histone H2B × 2 (P02279) HISTONE H4-VI × 2 (P62801) PHOSPHATE ION × 5 CHLORIDE ION × 23 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_CHICK
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 G; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

HISTONE H4-VI

物种未注明

UniProt P62801

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 Histone H2A-IV × 2 (P02263) Histone H2B × 2 (P02279) HISTONE H3 × 2 (P84229) PHOSPHATE ION × 5 CHLORIDE ION × 23 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_CHICK
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 H; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2aro
沉积日期 deposition_date2005-08-20
结构标题 titleCrystal Structure Of The Native Histone Octamer To 2.1 Angstrom Resolution, Crystalised In The Presence Of S-Nitrosoglutathione
关键词 keywordsOCTAMER, OXIDATION, ALLOSTERY, CIRCULAR DICHROISM, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2aro__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2aro__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2aro__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.21 Å
Rg(电子密度)27.02 Å
总 Rg28.02 Å
原子数6013
残基数755
排除体积107840 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2aro__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2aroa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2arob_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2aroc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2arod_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2aroe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2arof_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2arog_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd2aroh_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2aroA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id2aroH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A

7. 引用文献 (1)