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2arr

Human plasminogen activator inhibitor-2.[loop (66-98) deletion mutant] complexed with peptide n-acetyl-teaaagmggvmtgr-oh

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasminogen activator inhibitor-2

Homo sapiens

UniProt P05120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–415 链 P； UniProt 366–380 突变：T8M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；peg 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.55 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2ARR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BY7 HUMAN PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2. LOOP (66-98) DELETION MUTANT 提交 1998-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–415（415 aa）
突变：RESIDUES 66 - 98 EXCISED 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1JRR HUMAN PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2.[LOOP (66-98) DELETIONMUTANT] COMPLEXED WITH PEPTIDE MIMIckING THE REACTIVE CENTER LOOP 提交 2001-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–415（415 aa）
链 P 367–380（14 aa） 片段：RESIDUES 367-380
突变：RESIDUES 66 - 98 EXCISED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.225
2ARQ Human plasminogen activator inhibitor-2.[loop (66-98) deletion mutant] complexed with peptide n-acetyl-teaaagdggvmtgr-oh 提交 2005-08-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–415（415 aa）
链 P 366–380（15 aa）
突变：T373D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.248

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAI2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 1–415 作者链 P； PDB构建体 2–15； UniProt 366–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2arr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2arr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2arr
沉积日期 deposition_date2005-08-21
结构标题 titleHuman plasminogen activator inhibitor-2.[loop (66-98) deletion mutant] complexed with peptide n-acetyl-teaaagmggvmtgr-oh
关键词 keywordsSERPIN, PEPTIDE BINDING, inhibitor, hydrolase inhibitor-peptide complex; hydrolase inhibitor/peptide
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.34 Å
零角强度 I(0) i029427800.00
分子量 molecular_weight42026.0 kDa
排除体积 excluded_volume52750 ų
包络体积 envelope_volume60258 ų
水化壳体积 shell_volume23650 ų
包络直径 envelope_diameter79.4 Å
壳层 Rg shell_rg28.23 Å
包络 Rg envelope_rg21.73 Å
形状 Rg shape_rg21.33 Å
总 Rg total_rg22.23 Å
总原子数 total_atoms2953
残基数 n_residues372
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.1 Å
Rg (实空间) rg_real22.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29430000.0000
解质量估计 total_estimate0.7844
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2 Å
偏度 Skewness skewness0.424
峰度 Kurtosis kurtosis-0.148
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6950000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2arra_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamilye.1.1 — Serpins
家族 Family familye.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2arrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id2arrA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)