2asc

Scorpion toxin LQH-alpha-IT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 41.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2asc
沉积日期 deposition_date	2005-08-23
结构标题 title	Scorpion toxin LQH-alpha-IT
关键词 keywords	alpha toxin, scorpion, toxin; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.57 Å
零角强度 I(0) i0	1632310.00
分子量 molecular_weight	8450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10487 Å³
包络体积 envelope_volume	11632 Å³
水化壳体积 shell_volume	8728 Å³
包络直径 envelope_diameter	39.0 Å
壳层 Rg shell_rg	17.01 Å
包络 Rg envelope_rg	12.14 Å
形状 Rg shape_rg	11.52 Å
总 Rg total_rg	13.06 Å
总原子数 total_atoms	579
残基数 n_residues	65
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.6 Å
Rg (实空间) rg_real	12.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6990e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1632000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7171
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	225700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	neurotoxin alpha-IT
分子量 formula_weight	7396.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	690

MVRDAYIAKNYNCVYECFRDAYCNELCTKNGASSGYCQWAGKYGNACWCYALPDNVPIRVPGKCR

来源 Source

来源生物 organism	Leiurus quinquestriatus
通用名 common_name	Egyptian scorpion
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6883
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM
分子量 formula_weight	146.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM
分子量 formula_weight	160.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	METHANOL
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2asca_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ascA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.714 Å
晶胞边长 b length_b	129.714 Å
晶胞边长 c length_c	129.714 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	209
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1308
R_work r_work	0.1304
R_free r_free	0.1379

fit	/app/data/saxs_computation/as/2asc/2asc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/as/2asc/2asc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/as/2asc/2asc.dat

Scorpion toxin LQH-alpha-IT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)