SAXSdb — 2atp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	artifact linker × 1 T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain × 1 （P10300） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	artifact linker × 1 T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain × 1 （P10300） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD8A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 28–149 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 28–149

T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

Mus musculus

UniProt P10300

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain × 1 （P01731） artifact linker × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain × 1 （P01731） artifact linker × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD8B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–115； UniProt 22–136 作者链 D； PDB构建体 1–115； UniProt 22–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2atp
沉积日期 deposition_date	2005-08-25
结构标题 title	Crystal structure of a CD8ab heterodimer
关键词 keywords	CD8ab, CD8aa, MHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2atp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2atp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2atp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.09 Å
Rg（电子密度）	17.92 Å
总 Rg	19.05 Å
原子数	1916
残基数	240
排除体积	34410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2atp__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2atp__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
分子量 formula_weight	13842.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3836

KPQAPELRIFPKKMDAELGQKVDLVCEVLGSVSQGCSWLFQNSSSKLPQPTFVVYMASSHNKITWDEKLNSSKLFSAMRDTNNKYVLTLNKFSKENEGYYFCSVISNSVMYFSSVVPVLQKV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	artifact linker
分子量 formula_weight	3028.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

AGSADDARKDAARKDDARKDDARKDGSSA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
分子量 formula_weight	13039.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

LIQTPSSLLVQTNHTAKMSCEVKSISKLTSIYWLRERQDPKDKYFEFLASWSSSKGVLYGESVDKKRNIILESSDSRRPFLSIMNVKPEDSDFYFCATVGSPKMVFGTGTKLTVV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2atpa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2atpb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2atpc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2atpd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2atpA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2atpB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2atpC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2atpD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	37.668 Å
晶胞边长 b length_b	92.655 Å
晶胞边长 c length_c	79.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2940

Crystal structure of a CD8ab heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2atp__assembly_1__model_1

2atp__assembly_1__model_1 | I(q)

2atp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a CD8ab heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2atp__assembly_1__model_1

2atp__assembly_1__model_1 | I(q)

2atp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)