SAXSdb — 2axx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME B5

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 5–98	片段：SOLUBLE DOMAIN	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）PHOSPHATE 1mM；压力 1	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AXX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AQA SOLUTION STRUCTURE OF REDUCED MICROSOMAL RAT CYTOCHROME B5, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-28	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K	分辨率未提供
1AW3 THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-10-09	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K	分辨率未提供
1AXX THE SOLUTION STRUCTURE OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1997-10-22	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）1 mM PHOSPHATE；压力 1	分辨率未提供
1B5A RAT FERROCYTOCHROME B5 A CONFORMATION, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-06	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 [U-13C; U-15N] Cytochrome b5, 100 mM phosphate buffer, 0.5 mM TSP, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1B5B RAT FERROCYTOCHROME B5 B CONFORMATION, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-06	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 [U-13C; U-15N] Cytochrome b5, 100 mM phosphate buffer, 0.5 mM TSP, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1BFX THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE B FORM OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-05-23	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）PHOSPHATE 1mM；压力 1 NMR样品组成 H2O AND D2O	分辨率未提供
1BLV SOLUTION STRUCTURE OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5 IN THE PRESENCE OF 2 M GUANIDINIUM CHLORIDE: MONITORING THE EARLY STEPS IN PROTEIN UNFOLDING 提交 1998-07-21	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）PHOSPHATE BUFFER 100 mM PLUS 2 M GDMCL IN THE SAME BUFFER；压力 1	分辨率未提供
1I87 SOLUTION STRUCTURE OF THE WATER-SOLUBLE FRAGMENT OF RAT HEPATIC APOCYTOCHROME B5 提交 2001-03-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）片段：WATER-SOLUBLE DOMAIN (RESIDUES 1-98)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）low；压力 ambient NMR样品组成 1 mM apocytochrome b5, 13C,15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM apocytochrome b5, 15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM apocytochrome b5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM apocytochrome b5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1I8C SOLUTION STRUCTURE OF THE WATER-SOLUBLE FRAGMENT OF RAT HEPATIC APOCYTOCHROME B5 提交 2001-03-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）片段：WATER-SOLUBLE DOMAIN (RESIDUES 1-98)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）low；压力 ambient NMR样品组成 1 mM apocytochrome b5, 13C,15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM apocytochrome b5, 15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM apocytochrome b5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM apocytochrome b5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1IB7 SOLUTION STRUCTURE OF F35Y MUTANT OF RAT FERRO CYTOCHROME B5, A CONFORMATION, ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES 提交 2001-03-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）	突变：F35Y	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM NMR样品组成 2mM F35Y CYTOCHROME B5; 1mM PHOSPHATE BUFFER; PURGED WITH NITROGEN GAS AND REDUCED BY ADDING FEW GRAINS OF SODIUM DITHIONATE AND SEALED USING OXY-ACETYLENE TORCH; 0.05 mM TSP AS INTERNAL REFERENCE \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM F35Y CYTOCHROME B5; 1mM PHOSPHATE BUFFER; PURGED WITH NITROGEN GAS AND REDUCED BY ADDING FEW GRAINS OF SODIUM DITHIONATE AND SEALED USING OXY-ACETYLENE TORCH; 0.05 mM TSP AS INTERNAL REFERENCE \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM F35Y CYTOCHROME B5; 1mM PHOSPHATE BUFFER; PURGED WITH NITROGEN GAS AND REDUCED BY ADDING FEW GRAINS OF SODIUM DITHIONATE AND SEALED USING OXY-ACETYLENE TORCH; 0.05 mM TSP AS INTERNAL REFERENCE \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1IET APOCYTOCHROME B5, PH 6.2, 298 K, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
1IEU APOCYTOCHROME B5, PH 6.2, 298 K, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1996-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
1JEX SOLUTION STRUCTURE OF A67V MUTANT OF RAT FERRO CYTOCHROME B5 提交 2001-06-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）	突变：A67V	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）1 mM；压力 ambient NMR样品组成 2MM F35Y CYTOCHROME B5;1MM PHOSPHATE BUFFER; PURGED WITH NITROGEN GAS AND REDUCED BY ADDING FEW GRAINS OF SODIUM DITHIONATE AND SEALED USING OXY-ACETYLENE TORCH; 0.05 MM TSP AS INTERNAL REFERENCE \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1MNY Dimethyl propionate ester heme-containing cytochrome b5 提交 2002-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–98（94 aa）片段：soluble domain, RESIDUES 5-98	未记录	HDM DIMETHYL PROPIONATE ESTER HEME × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM potassium phosphate	分辨率未提供
5XE4 NMR solution structure of the aromatic mutant H43W H67F cytochrome b5 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–99（98 aa）片段：UNP residues 2-99	突变：H43W, H63F, T77K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 101 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] WF cytochrome b5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] WF cytochrome b5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XEE NMR solution structure of the aromatic mutant H43F H67F cytochrome b5 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–99（98 aa）片段：UNP residues 2-99	突变：H43F, H67F, T77K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 101325 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] FFcytb5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] FFcytb5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] FFcytb5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB5_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–94； UniProt 5–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2axx
沉积日期 deposition_date	1997-10-22
结构标题 title	THE SOLUTION STRUCTURE OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, NMR, 21 STRUCTURES
关键词 keywords	CYTOCHROME B5, PROTEIN RECOGNITION, ELECTRON TRANSFER, SOLUTION STRUCTURE, PARAMAGNETIC NMR, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.24 Å
零角强度 I(0) i0	812584000.00
分子量 molecular_weight	239470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	297880 Å³
包络体积 envelope_volume	33011 Å³
水化壳体积 shell_volume	16635 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.76 Å
包络 Rg envelope_rg	16.86 Å
形状 Rg shape_rg	13.19 Å
总 Rg total_rg	13.60 Å
总原子数 total_atoms	32949
残基数 n_residues	1974
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.0 Å
Rg (实空间) rg_real	13.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	812600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8324
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.162
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	345900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2axxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.120 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.120.1 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain
家族 Family family	d.120.1.1 — Cytochrome b5

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2axxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	120 — Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	CYTOCHROME B5
分子量 formula_weight	10813.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	32949

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

THE SOLUTION STRUCTURE OF OXIDIZED RAT MICROSOMAL CYTOCHROME B5, NMR, 21 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME B5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/ax/2axx/2axx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/2axx/2axx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/2axx/2axx.dat