2azn

X-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone 5-phosphate reductase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 2 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 2 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 2 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 4 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ; × 3 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIB7_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224 作者链 E； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224 作者链 F； PDB构建体 1–219； UniProt 6–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2azn
沉积日期 deposition_date	2005-09-12
结构标题 title	X-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone 5-phosphate reductase
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2azn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2azn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2azn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.54 Å
Rg（电子密度）	17.84 Å
总 Rg	18.79 Å
原子数	1789
残基数	214
排除体积	32383 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2azn__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2azn__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2azn__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2azn__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2azn__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2azn__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2azn__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2azn__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2azn__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
分子量 formula_weight	24721.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.193
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	11090

EKKPYIISNVGMTLDGKLATINNDSRISCEEDLIRVHKIRANVDGIMVGIGTVLKDDPRLTVHKIKSDRNPVRIVVDSKLRVPLNARVLNKDAKTIIATTEDTNEEKEKKIKILEDMGVEVVKCGRGKVDLKKLMDILYDKGIKSILLEGGGTLNWGMFKEGLVDEVSVYIAPKIFGGKEAPTYVDGEGFKTVDECVKLELKNFYRLGEGIVLEFKVKK

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;2-(6-(2-CYCLOHEXYLETHOXY)-TETRAHYDRO-4,5-DIHYDROXY-2(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6(HYDROXYMETHYL)-2H-PY RAN-3,4,5-TRIOL ;
分子量 formula_weight	452.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	270

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2azna1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2aznb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2aznc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2aznd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2azne_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2aznf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.2 — RibD C-terminal domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2aznA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	2aznB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	2aznC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	2aznD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	2aznE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	2aznF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

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晶胞边长 a length_a	137.171 Å
晶胞边长 b length_b	137.171 Å
晶胞边长 c length_c	213.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2530

X-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone 5-phosphate reductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2azn__assembly_1__model_1

2azn__assembly_1__model_1 | I(q)

2azn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

X-RAY Structure of 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3h)-pyrimidinone 5-phosphate reductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2azn__assembly_1__model_1

2azn__assembly_1__model_1 | I(q)

2azn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)