SAXSdb — 2b3t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein methyltransferase hemK

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide chain release factor 1 × 1 （P0A7I0） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276

Peptide chain release factor 1

Escherichia coli

UniProt P0A7I0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein methyltransferase hemK × 1 （P37186） S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RF1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–356； UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b3t
沉积日期 deposition_date	2005-09-21
结构标题 title	Structure of complex between E. coli translation termination factor RF1 and the PrmC methyltransferase
关键词 keywords	release factor; translation termination; methylation; conformational changes, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2b3t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2b3t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2b3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.00 Å
Rg（电子密度）	29.51 Å
总 Rg	29.97 Å
原子数	4567
残基数	576
排除体积	80073 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2b3t__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein methyltransferase hemK
分子量 formula_weight	30877.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4567

MEYQHWLREAISQLQASESPRRDAEILLEHVTGRGRTFILAFGETQLTDEQCQQLDALLTRRRDGEPIAHLTGVREFWSLPLFVSPATLIPRPDTECLVEQALARLPEQPCRILDLGTGTGAIALALASERPDCEIIAVDRMPDAVSLAQRNAQHLAIKNIHILQSDWFSALAGQQFAMIVSNPPYIDEQDPHLQQGDVRFEPLTALVAADSGMADIVHIIEQSRNALVSGGFLLLEHGWQQGEAVRQAFILAGYHDVETCRDYGDNERVTLGRYY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide chain release factor 1
分子量 formula_weight	40559.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKPSIVAKLEALHERHEEVQALLGDAQTIADQERFRALSREYAQLSDVSRCFTDWQQVQEDIETAQMMLDDPEMREMAQDELREAKEKSEQLEQQLQVLLLPKDPDDERNAFLEVRAGTGGDEAALFAGDLFRMYSRYAEARRWRVEIMSASEGEHGGYKEIIAKISGDGVYGRLKFESGGHRVQRVPATESQGRIHTSACTVAVMPELPDAELPDVNPADLRIDTFRSSGAGGQHVNTTDSAIRITHLPTGIVVECQDERSQHKNKAKALSVLGARIHAAEMAKRQQAEASTRRNLLGSGDRSDRNRTYNFPQGRVTDHRINLTLYRLDEVMEGKLDMLIEPIIQEHQADQLAALSEQE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2b3ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.30 — N5-glutamine methyltransferase, HemK

结构域编号 domain_id	d2b3tb1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.38 — Release factor
超家族 Superfamily superfamily	e.38.1 — Release factor
家族 Family family	e.38.1.1 — Release factor

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2b3tA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2b3tA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2b3tB01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 —

结构域编号 domain_id	2b3tB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 —

结构域编号 domain_id	2b3tB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	113.540 Å
晶胞边长 b length_b	77.470 Å
晶胞边长 c length_c	89.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.3030

Structure of complex between E. coli translation termination factor RF1 and the PrmC methyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein methyltransferase hemK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide chain release factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2b3t__assembly_1__model_1

2b3t__assembly_1__model_1 | I(q)

2b3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of complex between E. coli translation termination factor RF1 and the PrmC methyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein methyltransferase hemK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide chain release factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2b3t__assembly_1__model_1

2b3t__assembly_1__model_1 | I(q)

2b3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)