SAXSdb — 2b9s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b9s
沉积日期 deposition_date	2005-10-12
结构标题 title	Crystal Structure of heterodimeric L. donovani topoisomerase I-vanadate-DNA complex
关键词 keywords	topoisomerase I, vanadate complex, ISOMERASE-DNA COMPLEX; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.64 Å
零角强度 I(0) i0	90818300.00
分子量 molecular_weight	66053.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78800 Å³
包络体积 envelope_volume	102900 Å³
水化壳体积 shell_volume	33147 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.26 Å
包络 Rg envelope_rg	25.58 Å
形状 Rg shape_rg	25.67 Å
总 Rg total_rg	26.27 Å
总原子数 total_atoms	4607
残基数 n_residues	522
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APAPAPAPAPGPAPCPTPT)-3'
分子量 formula_weight	3061.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4737

AAAAAGACTT

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APGPAPAPAPAPAPTPTPTPTPT)-3'
分子量 formula_weight	3684.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGAAAAATTTTT

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(APAPAPAPAPTPTPTPTPTPCPTPAPAPGPTPCPTPTPTPTPT)-3'
分子量 formula_weight	6705.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AAAAATTTTTCTAAGTCTTTTT

Entity 4 polymer

描述 description	topoisomerase I-like protein
分子量 formula_weight	50903.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EEDLNWWEQENLRIAMKGERRWETLAHNGVLFPPEYEPHGIPIFYDGREFKMTPEEEEVATMFAVMKEHDYYRMEVFRRNFFESWREILDKRQHPIRRLELCDFEPIYQWHLVQREKKLSRTKEEKKAIKEKQDAEAEPYRYCVWDGRREQVANFRVEPPGLFRGRGKHPLMGKLKVRVQPEDITINIGETAEVPVPPAGHKWAAVQHDHTVTWLAMWRDSVAGNMKYVMLAPSSSVKGQSDMVKFEKARKLKDKVDDIRASYMEDFKSNDLHVAQRAVAMYFIDRLALRVGNEKGEDEADTVGCCSLRVEHIQLMPDNIVRFDFLGKDSIRYQNDVAVLPEVYALLQRFTRRKSPGMDIFDQLNPTQLNDHLKSFMDGLSAKVFRTYNASITLDRWFKEKPVDPKWSTADKLAYFNKANTEVAILCNHQKS

来源 Source

来源生物 organism	Leishmania donovani
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5661
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	DNA topoisomerase I-like protein
分子量 formula_weight	7138.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ENIIRIKDDNKAVSLGTSKINYIDPRIICSWAKAQDVPINKIFSATIQKKFPWAMNAENFDF

来源 Source

来源生物 organism	Leishmania donovani
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5661
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 non-polymer

描述 description	VANADATE ION
分子量 formula_weight	114.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2b9sA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	11 — DNA Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	2b9sA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	41 — Yeast DNA topoisomerase - domain 1

结构域编号 domain_id	2b9sA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.433 Å
晶胞边长 b length_b	106.102 Å
晶胞边长 c length_c	126.691 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	43.480 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/b9/2b9s/2b9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b9/2b9s/2b9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b9/2b9s/2b9s.dat

Crystal Structure of heterodimeric L. donovani topoisomerase I-vanadate-DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)