2b9u

Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

Sulfolobus tokodaii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q96Z62_SULTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 D； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 E； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 F； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 G； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 H； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 I； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 J； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 K； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 L； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b9u
沉积日期 deposition_date	2005-10-13
结构标题 title	Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii
关键词 keywords	BETA CLASS, JELLY ROLL-LIKE TOPOLOGY, FLATTENED BARREL, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2b9u__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2b9u__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2b9u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.26 Å
Rg（电子密度）	21.19 Å
总 Rg	22.22 Å
原子数	2894
残基数	352
排除体积	52148 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2b9u__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2b9u__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2b9u__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2b9u__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2b9u__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2b9u__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2b9ua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9uc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ue_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9uf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ug_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9uh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ui_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9uj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9uk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

结构域编号 domain_id	d2b9ul_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.1 — dTDP-sugar isomerase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2b9uA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	2b9uL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

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晶胞边长 a length_a	74.788 Å
晶胞边长 b length_b	229.495 Å
晶胞边长 c length_c	74.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2571

描述 description	hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
分子量 formula_weight	20505.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.3.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,B,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	19111

Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2b9u__assembly_6__model_1

2b9u__assembly_6__model_1 | I(q)

2b9u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Sulfolobus tokodaii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1747

Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2b9u__assembly_6__model_1

2b9u__assembly_6__model_1 | I(q)

2b9u__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)