SAXSdb — 2bab

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bab
沉积日期 deposition_date	2005-10-14
结构标题 title	Crystal structure of CLA-producing fatty acid isomerase from P. acnes
关键词 keywords	isomerase, conjugated linoleic acid, fad; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.49 Å
零角强度 I(0) i0	44267100.00
分子量 molecular_weight	50485.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62451 Å³
包络体积 envelope_volume	69912 Å³
水化壳体积 shell_volume	26416 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.06 Å
包络 Rg envelope_rg	21.77 Å
形状 Rg shape_rg	21.48 Å
总 Rg total_rg	22.36 Å
总原子数 total_atoms	3553
残基数 n_residues	423
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	putative aminooxidase
分子量 formula_weight	49081.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4130

MSISKDSRIAIIGAGPAGLAAGMYLEQAGFHDYTILERTDHVGGKCHSPNYHGRRYEMGAIMGVPSYDTIQEIMDRTGDKVDGPKLRREFLHEDGEIYVPEKDPVRGPQVMAAVQKLGQLLATKYQGYDANGHYNKVHEDLMLPFDEFLALNGCEAARDLWINPFTAFGYGHFDNVPAAYVLKYLDFVTMMSFAKGDLWTWADGTQAMFEHLNATLEHPAERNVDITRITREDGKVHIHTTDWDRESDVLVLTVPLEKFLDYSDADDDEREYFSKIIHQQYMVDACLVKEYPTISGYVPDNMRPERLGHVMVYYHRWADDPHQIITTYLLRNHPDYADKTQEECRQMVLDDMETFGHPVEKIIEEQTWYYFPHVSSEDYKAGWYEKVEGMQGRRNTFYAGEIMSFGNFDEVCHYSKDLVTRFFV

来源 Source

来源生物 organism	Propionibacterium acnes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1747
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(10E,12Z)-OCTADECA-10,12-DIENOIC ACID
分子量 formula_weight	280.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	559

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2babA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2babA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	405 — Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2babA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1990 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.753 Å
晶胞边长 b length_b	161.753 Å
晶胞边长 c length_c	161.753 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	26.960 Å
R 因子 r_factor	0.1649
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.2002

fit	/app/data/saxs_computation/ba/2bab/2bab.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ba/2bab/2bab.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ba/2bab/2bab.dat

Crystal structure of CLA-producing fatty acid isomerase from P. acnes

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction