2bba

Crystal Structure and Thermodynamic Characterization of the EphB4 Receptor in Complex with an ephrin-B2 Antagonist Peptide Reveals the Determinants for Receptor Specificity.

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ephrin type-B receptor 4

Homo sapiens

UniProt P54760

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Agonist peptide × 1 SULFATE ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPHB4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–185; UniProt 17–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bba
沉积日期 deposition_date2005-10-17
结构标题 titleCrystal Structure and Thermodynamic Characterization of the EphB4 Receptor in Complex with an ephrin-B2 Antagonist Peptide Reveals the Determinants for Receptor Specificity.
关键词 keywords;EphB4, tumorigenesis, angiogenesis, peptide mimetics, SIGNALING PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure, ATCG3D ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bba__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bba__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bba__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.29 Å
Rg(电子密度)17.01 Å
总 Rg17.96 Å
原子数1568
残基数199
排除体积27674 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bba__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bbaa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.4 — Ephrin receptor ligand binding domain
结构域编号 domain_idd2bbaa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2bbaA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
▶

7. 引用文献 (1)