2bdr

Crystal Structure of the Putative Ureidoglycolate hydrolase PP4288 from Pseudomonas putida, Northeast Structural Genomics Target PpR49

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ureidoglycolate hydrolase

Pseudomonas putida

UniProt P59285

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SODIUM ION × 3 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALLA_PSEPK
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–167; UniProt 1–167 作者链 B; PDB构建体 1–167; UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bdr
沉积日期 deposition_date2005-10-20
结构标题 titleCrystal Structure of the Putative Ureidoglycolate hydrolase PP4288 from Pseudomonas putida, Northeast Structural Genomics Target PpR49
关键词 keywordsall beta protein, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bdr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bdr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bdr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.15 Å
Rg(电子密度)21.19 Å
总 Rg22.39 Å
原子数2623
残基数318
排除体积46658 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bdr__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bdra1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.14 — Ureidoglycolate hydrolase AllA
结构域编号 domain_idd2bdrb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.14 — Ureidoglycolate hydrolase AllA

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bdrA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily480 — Ureidoglycolate hydrolase
结构域编号 domain_id2bdrB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily480 — Ureidoglycolate hydrolase
▶

7. 引用文献 (1)