SAXSdb — 2bdx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–323	未记录	DIHYDROMICROCYSTIN-LA × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；273 K；2.3 M lithium sulfate, Tris-HCl (100 mM, pH 8.0), polyethylene glycol 400 (2%) and beta-mercaptoethanol (10 mM), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.30 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IT6 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CALYCULIN A AND THE CATALYTIC SUBUNIT OF PROTEIN PHOSPHATASE 1 提交 2002-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CYU CALYCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；PEG3350, POTASSIUM SULFATE, MANGANESE(II) CHLORIDE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1IT6 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CALYCULIN A AND THE CATALYTIC SUBUNIT OF PROTEIN PHOSPHATASE 1 提交 2002-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CYU CALYCULIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；PEG3350, POTASSIUM SULFATE, MANGANESE(II) CHLORIDE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1JK7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TUMOR-PROMOTER OKADAIC ACID BOUND TO PROTEIN PHOSPHATASE-1 提交 2001-07-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 OKA OKADAIC ACID × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；LITHIUM SULPHATE, PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
1U32 Crystal structure of a Protein Phosphatase-1: Calcineurin Hybrid Bound to Okadaic Acid 提交 2004-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–298（293 aa）片段：residues 6-298	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 OKA OKADAIC ACID × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；lithium sulfate, tris, PEG 400, mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
2BCD X-ray crystal structure of Protein Phosphatase-1 with the marine toxin motuporin bound 提交 2005-10-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；273 K；2.3 M lithium sulfate, Tris-HCl (100 mM, pH 8.0), polyethylene glycol 400 (2%), beta-mercaptoethanol (10 mM), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4UT2 X-ray structure of the human PP1 gamma catalytic subunit treated with ascorbate 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；19.3 % PEG 3350, 200 MM NACL, 100 MM TRIS PH 9.0 SOAKING IN RESERVOIR ENRICHED BY 25MM ASCORBATE FOR 30 MINUTES CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL	分辨率 1.96 Å R-free 0.201
4UT2 X-ray structure of the human PP1 gamma catalytic subunit treated with ascorbate 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；19.3 % PEG 3350, 200 MM NACL, 100 MM TRIS PH 9.0 SOAKING IN RESERVOIR ENRICHED BY 25MM ASCORBATE FOR 30 MINUTES CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL	分辨率 1.96 Å R-free 0.201
4UT3 X-ray structure of the human PP1 gamma catalytic subunit treated with hydrogen peroxide 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；7-12% PEG3350, 0.1 M BICINE, PH 9.0 SOAKING IN RESERVOIR ENRICHED WITH 50MM H2O2 FOR 10 MINS CRYOPROTECTION IN RESEVOIR ENRICHED WITH 25% MPD	分辨率 2.19 Å R-free 0.211
4UT3 X-ray structure of the human PP1 gamma catalytic subunit treated with hydrogen peroxide 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；7-12% PEG3350, 0.1 M BICINE, PH 9.0 SOAKING IN RESERVOIR ENRICHED WITH 50MM H2O2 FOR 10 MINS CRYOPROTECTION IN RESEVOIR ENRICHED WITH 25% MPD	分辨率 2.19 Å R-free 0.211
5INB RepoMan-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex 提交 2016-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–308（302 aa）片段：UNP residues 7-308	未记录	MLI MALONATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；277 K；1 M Sodium Malonate	分辨率 1.30 Å R-free 0.153
5J28 Ki67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–308（302 aa）片段：UNP residues 7-308	未记录	MLI MALONATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；1.9 M Sodium Malonate pH 4.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
5J28 Ki67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–308（302 aa）片段：UNP residues 7-308	未记录	MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；1.9 M Sodium Malonate pH 4.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
7SD0 Cryo-EM structure of the SHOC2:PP1C:MRAS complex 提交 2021-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–323（323 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Used the "perpetually hydrated" method of applying graphene oxide. (Cheung et al., 2018)	分辨率 2.95 Å
8B5R p97-p37-SPI substrate complex 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 P 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP1G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bdx
沉积日期 deposition_date	2005-10-21
结构标题 title	X-ray Crystal Structure of dihydromicrocystin-LA bound to Protein Phosphatase-1
关键词 keywords	Protein phosphatase, natural product inhibitors, microcystins, nodularins, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.05 Å
零角强度 I(0) i0	19375900.00
分子量 molecular_weight	34252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43142 Å³
包络体积 envelope_volume	47981 Å³
水化壳体积 shell_volume	21327 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.22 Å
包络 Rg envelope_rg	18.44 Å
形状 Rg shape_rg	18.05 Å
总 Rg total_rg	19.04 Å
总原子数 total_atoms	2405
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.373
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6598000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
分子量 formula_weight	37030.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2440

MADLDKLNIDSIIQRLLEVRGSKPGKNVQLQENEIRGLCLKSREIFLSQPILLELEAPLKICGDIHGQYYDLLRLFEYGGFPPESNYLFLGDYVDRGKQSLETICLLLAYKIKYPENFFLLRGNHECASINRIYGFYDECKRRYNIKLWKTFTDCFNCLPIAAIVDEKIFCCHGGLSPDLQSMEQIRRIMRPTDVPDQGLLCDLLWSDPDKDVLGWGENDRGVSFTFGAEVVAKFLHKHDLDLICRAHQVVEDGYEFFAKRQLVTLFSAPNYCGEFDNAGAMMSVDETLMCSFQILKPAEKKKPNATRPVTPPRGMITKQAKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DIHYDROMICROCYSTIN-LA
分子量 formula_weight	930.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ALDAXEA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2bdxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2bdxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.978 Å
晶胞边长 b length_b	99.978 Å
晶胞边长 c length_c	62.949 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.360 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/bd/2bdx/2bdx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/2bdx/2bdx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/2bdx/2bdx.dat

X-ray Crystal Structure of dihydromicrocystin-LA bound to Protein Phosphatase-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)