SAXSdb — 2be6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–149	未记录	Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit × 1 （Q13933） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149	未记录	Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit × 1 （Q13933） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–149	未记录	Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit × 1 （Q13933） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149 链 C； UniProt 1–149	未记录	Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit × 2 （Q13933） CA CALCIUM ION × 8 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q53S29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit

Homo sapiens

UniProt Q13933

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1659–1692	片段：IQ domain, residues 1659-1692	Calmodulin 2 × 1 （Q53S29） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1659–1692	片段：IQ domain, residues 1659-1692	Calmodulin 2 × 1 （Q53S29） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1659–1692	片段：IQ domain, residues 1659-1692	Calmodulin 2 × 1 （Q53S29） CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1659–1692 链 F； UniProt 1659–1692	片段：IQ domain, residues 1659-1692	Calmodulin 2 × 2 （Q53S29） CA CALCIUM ION × 8 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；284 K；0.05M Bis-Tris, pH 6.5, 10-15% PEG4000, 0.25mM protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BE6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2F3Y Calmodulin/IQ domain complex 提交 2005-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1665–1685（21 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；32% PEG 4000, 50mM TRIS, 50 mM MgCl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.219
2F3Z Calmodulin/IQ-AA domain complex 提交 2005-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1665–1685（21 aa）	突变：I1672A, Q1673A	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；32% PEG 4000, 50mM TRIS, 50 mM MgCl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.272

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAC1C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–37； UniProt 1659–1692 作者链 E； PDB构建体 4–37； UniProt 1659–1692 作者链 F； PDB构建体 4–37； UniProt 1659–1692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2be6
沉积日期 deposition_date	2005-10-23
结构标题 title	2.0 A crystal structure of the CaV1.2 IQ domain-Ca/CaM complex
关键词 keywords	calmodulin, calcium channel, IQ domain, inactivation, facilitation, calcium-dependent, gating, voltage-gated, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.81 Å
零角强度 I(0) i0	51973500.00
分子量 molecular_weight	54309.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67070 Å³
包络体积 envelope_volume	85764 Å³
水化壳体积 shell_volume	27415 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.22 Å
包络 Rg envelope_rg	26.46 Å
形状 Rg shape_rg	26.82 Å
总 Rg total_rg	27.50 Å
总原子数 total_atoms	3780
残基数 n_residues	483
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9137
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7051000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calmodulin 2
分子量 formula_weight	16965.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4120

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit
分子量 formula_weight	4373.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

GHMDEVTVGKFYATFLIQEYFRKFKKRKEQGLVGKPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2be6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d2be6b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d2be6c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2be6A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2be6A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2be6B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2be6B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2be6C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2be6C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.731 Å
晶胞边长 b length_b	37.241 Å
晶胞边长 c length_c	86.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/be/2be6/2be6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/be/2be6/2be6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/be/2be6/2be6.dat

2.0 A crystal structure of the CaV1.2 IQ domain-Ca/CaM complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)