SAXSdb — 2bis

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

PYROCOCCUS ABYSSI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	alpha-D-glucopyranose × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 GLYCEROL × 3	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 GLYCEROL × 3	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	alpha-D-glucopyranose × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 GLYCEROL × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9V2J8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–440； UniProt 1–437 作者链 B； PDB构建体 4–440； UniProt 1–437 作者链 C； PDB构建体 4–440； UniProt 1–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bis
沉积日期 deposition_date	2005-01-25
结构标题 title	Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi
关键词 keywords	GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY, 5 UDP/ADP-GLUCOSE-GLYCOGEN SYNTHASE, TWO ROSSMAN FOLDS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bis__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bis__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bis__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.83 Å
Rg（电子密度）	23.75 Å
总 Rg	24.66 Å
原子数	3519
残基数	440
排除体积	63256 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2bis__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2bis__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2bis__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLGA GLYCOGEN SYNTHASE
分子量 formula_weight	49328.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10581

GSHMKVLLLGFEFLPVKVGGLAEALTAISEALASLGHEVLVFTPSHGRFQGEEIGKIRVFGEEVQVKVSYEERGNLRIYRIGGGLLDSEDVYGPGWDGLIRKAVTFGRASVLLLNDLLREEPLPDVVHFHDWHTVFAGALIKKYFKIPAVFTIHRLNKSKLPAFYFHEAGLSELAPYPDIDPEHTGGYIADIVTTVSRGYLIDEWGFFRNFEGKITYVFNGIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFSWEKSAERYVKAYTGSIDRAFDFIL

来源 Source

来源生物 organism	PYROCOCCUS ABYSSI
通用名 common_name	PYROCOCCUS ABYSSI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29292
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2bisa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.8 — Glycosyl transferases group 1

结构域编号 domain_id	d2bisb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.8 — Glycosyl transferases group 1

结构域编号 domain_id	d2bisb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2bisc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.8 — Glycosyl transferases group 1

结构域编号 domain_id	d2bisc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2bisA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2bisA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2bisB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2bisB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2bisC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2bisC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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晶胞边长 a length_a	202.985 Å
晶胞边长 b length_b	73.973 Å
晶胞边长 c length_c	148.221 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2660

Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bis__assembly_2__model_1

2bis__assembly_2__model_1 | I(q)

2bis__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bis__assembly_2__model_1

2bis__assembly_2__model_1 | I(q)

2bis__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)