SAXSdb — 2bl6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN P11

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 381–417	片段：RESIDUES 381-417	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）210；压力 1.0 NMR样品组成：10% WATER/90% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BL6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EIA X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF EQUINE INFECTIOUS ANEMIA VIRUS (EIAV) CAPSID PROTEIN P26 提交 1998-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 140–346（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2EIA X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF EQUINE INFECTIOUS ANEMIA VIRUS (EIAV) CAPSID PROTEIN P26 提交 1998-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 141–346（206 aa）链 B 141–346（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M SODIUM CITRATE, 10% PEG 3350, 15% ISOPROPANOL, PH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.294
2K84 Solution Structure of the equine infectious anemia virus p9 GAG protein 提交 2008-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 457–486（30 aa）片段：UNP residues 457-486	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；300 K；压力 ambient NMR样品组成 2-3 mM p9 (22-51), 50% H2O/50% CF3CD2OH \| 50% H2O/50% CF3CD2OH	分辨率未提供
2R03 Crystal Structure of ALIX/AIP1 in complex with the YPDL Late Domain 提交 2007-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 456–463（8 aa）片段：UNP residues 456-463	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；286 K；0.20-0.25 M MgCl2, 7-10% PEG 4000, 0.1 M NaMES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 2.59 Å R-free 0.286

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_EIAVY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–37； UniProt 381–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bl6
沉积日期 deposition_date	2005-03-02
结构标题 title	Solution structure of the Zn complex of EIAV NCp11(22-58) peptide, including two CCHC Zn-binding motifs.
关键词 keywords	NUCLEOCAPSID PROTEIN, LENTIVIRUS, POLYPROTEIN, CORE PROTEIN, RETROVIRUS ZINC FINGER-LIKE DOMAINS; NUCLEOCAPSID PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.59 Å
零角强度 I(0) i0	302713000.00
分子量 molecular_weight	128450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152850 Å³
包络体积 envelope_volume	7604 Å³
水化壳体积 shell_volume	6715 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.0 Å
壳层 Rg shell_rg	15.17 Å
包络 Rg envelope_rg	10.75 Å
形状 Rg shape_rg	9.59 Å
总 Rg total_rg	9.70 Å
总原子数 total_atoms	16980
残基数 n_residues	1110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	29.6 Å
Rg (实空间) rg_real	9.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	302700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8060
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	9.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.752
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8126.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	NUCLEOCAPSID PROTEIN P11
分子量 formula_weight	4152.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16980

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Solution structure of the Zn complex of EIAV NCp11(22-58) peptide, including two CCHC Zn-binding motifs.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN P11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/bl/2bl6/2bl6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bl/2bl6/2bl6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bl/2bl6/2bl6.dat