SAXSdb — 2bod

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOGLUCANASE E-2

THERMOMONOSPORA FUSCA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl beta-D-glucopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GUN2_THEFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–286； UniProt 32–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bod
沉积日期 deposition_date	2005-04-10
结构标题 title	Catalytic domain of endo-1,4-glucanase Cel6A from Thermobifida fusca in complex with methyl cellobiosyl-4-thio-beta-cellobioside
关键词 keywords	;ENDOGLUCANASE, THERMOBIFIDA FUSCA, TIM A/B FOLD, GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 6, METHYL CELLOBIOSYL-4-THIO-BETA-CELLOBIOSIDE, CARBOHYDRATE METABOLISM, CELLULOSE DEGRADATION, GLYCOSIDASE, HYDROLASE, POLYSACCHARIDE DEGRADATION ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bod__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bod__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bod__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.93 Å
Rg（电子密度）	17.70 Å
总 Rg	18.64 Å
原子数	2140
残基数	279
排除体积	37516 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2bod__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDOGLUCANASE E-2
分子量 formula_weight	30436.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2450

NDSPFYVNPNMSSAEWVRNNPNDPRTPVIRDRIASVPQGTWFAHHNPGQITGQVDALMSAAQAAGKIPILVVYNAPGRDCGNHSSGGAPSHSAYRSWIDEFAAGLKNRPAYIIVEPDLISLMSSCMQHVQQEVLETMAYAGKALKAGSSQARIYFDAGHSAWHSPAQMASWLQQADISNSAHGIATNTSNYRWTADEVAYAKAVLSAIGNPSLRAVIDTSRNGNGPAGNEWCDPSGRAIGTPSTTNTGDPMIDAFLWIKLPGEADGCIAGAGQFVPQAAYEMAIAA

来源 Source

来源生物 organism	THERMOMONOSPORA FUSCA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2021
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	696.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2bodx_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family family	c.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2bodX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase

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晶胞边长 a length_a	43.317 Å
晶胞边长 b length_b	66.815 Å
晶胞边长 c length_c	81.187 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	18.380 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2140

Catalytic domain of endo-1,4-glucanase Cel6A from Thermobifida fusca in complex with methyl cellobiosyl-4-thio-beta-cellobioside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOGLUCANASE E-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bod__assembly_1__model_1

2bod__assembly_1__model_1 | I(q)

2bod__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Catalytic domain of endo-1,4-glucanase Cel6A from Thermobifida fusca in complex with methyl cellobiosyl-4-thio-beta-cellobioside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOGLUCANASE E-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bod__assembly_1__model_1

2bod__assembly_1__model_1 | I(q)

2bod__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)