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2bpo

Crystal structure of the yeast CPR triple mutant: D74G, Y75F, K78A.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 137.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH-CYTOCHROM P450 REDUCTASE

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P16603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 46–690 突变：YES FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；295 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.0 5 MM NICKEL CHLORIDE 1 MM FMN 1 MM FAD 1 MM NADP, T=22 C. 分辨率 2.90 Å R-free 0.268
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 46–690 突变：YES FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；295 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.0 5 MM NICKEL CHLORIDE 1 MM FMN 1 MM FAD 1 MM NADP, T=22 C. 分辨率 2.90 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BPO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BF4 A second FMN-binding site in yeast NADPH-cytochrome P450 reductase suggests a novel mechanism of electron transfer by diflavin reductases. 提交 2004-12-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–690（645 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；293 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE,100 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0),T=20 C
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
2BF4 A second FMN-binding site in yeast NADPH-cytochrome P450 reductase suggests a novel mechanism of electron transfer by diflavin reductases. 提交 2004-12-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 46–690（645 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；293 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE,100 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0),T=20 C
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
2BN4 A second FMN-binding site in yeast NADPH-cytochrome P450 reductase suggests a novel mechanism of electron transfer by diflavin reductase 提交 2005-03-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–690（645 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；293 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE 100 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0) 1 MM FAD 1 MM NADPH T=20 C
分辨率 2.91 Å R-free 0.300
2BN4 A second FMN-binding site in yeast NADPH-cytochrome P450 reductase suggests a novel mechanism of electron transfer by diflavin reductase 提交 2005-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 47–690（644 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；293 K；1.6 M AMMONIUM SULFATE 100 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0) 1 MM FAD 1 MM NADPH T=20 C
分辨率 2.91 Å R-free 0.300
3FJO Structure of chimeric YH CPR 提交 2008-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–211（168 aa） 片段：yeast FMN domain, UNP residues 44-211, human FAD domain CPR, UNP residues 232-677
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEGII from Nextal condition G11, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.290

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCPR_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 38–682； UniProt 46–690 作者链 B； PDB构建体 38–682； UniProt 46–690

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bpo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bpo
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bpo
沉积日期 deposition_date2005-04-21
结构标题 titleCrystal structure of the yeast CPR triple mutant: D74G, Y75F, K78A.
关键词 keywordsREDUCTASE, NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE, CPR, DIFLAVIN REDUCTASE, FAD, FMN-BINDING, NADP, ELECTRON TRANSFER; REDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.23 Å
零角强度 I(0) i0327099000.00
分子量 molecular_weight146800.0 kDa
排除体积 excluded_volume183050 ų
包络体积 envelope_volume237710 ų
水化壳体积 shell_volume49982 ų
包络直径 envelope_diameter145.1 Å
壳层 Rg shell_rg43.43 Å
包络 Rg envelope_rg42.11 Å
形状 Rg shape_rg42.21 Å
总 Rg total_rg42.34 Å
总原子数 total_atoms10343
残基数 n_residues1282
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.3 Å
Rg (实空间) rg_real42.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal327000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5611
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.1 Å
偏度 Skewness skewness0.575
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66380000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.207
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2bpoA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Flavodoxin domain
结构域编号 domain_id2bpoA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id2bpoA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id2bpoA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
结构域编号 domain_id2bpoB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Flavodoxin domain
结构域编号 domain_id2bpoB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id2bpoB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id2bpoB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)