SAXSdb — 2bqp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PEA LECTIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–264 链 B； UniProt 31–264	未记录	GLC alpha-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BQP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–211（181 aa）片段：BETA CHAIN 链 B 218–264（47 aa）片段：ALPHA CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 31–211（181 aa）片段：BETA CHAIN 链 D 218–264（47 aa）片段：ALPHA CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1BQP THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-MANNOPYRANOSE COMPLEX 提交 1998-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–211（181 aa）片段：BETA CHAIN 链 B 218–264（47 aa）片段：ALPHA CHAIN 链 C 31–211（181 aa）片段：BETA CHAIN 链 D 218–264（47 aa）片段：ALPHA CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.188
1HKD Structure of pea lectin in complex with alpha-methyl-D-glucopyranoside 提交 2003-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–211（181 aa）片段：RESIDUES 31-211 链 B 218–269（52 aa）片段：RESIDUES 218-269 链 C 31–211（181 aa）片段：RESIDUES 31-211 链 D 218–269（52 aa）片段：RESIDUES 218-269	未记录	CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GYP methyl alpha-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；1.7 M AMMONIUM SULFATE, 10% (V/V) ETHANOL, pH 7.00	分辨率 2.09 Å R-free 0.209
1OFS Pea lectin-sucrose complex 提交 2003-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–217（187 aa）片段：RESIDUES 31-217 链 B 218–265（48 aa）片段：RESIDUES 218-265 链 C 31–217（187 aa）片段：RESIDUES 31-217 链 D 218–265（48 aa）片段：RESIDUES 218-265	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 12% (W/V) PEG 20K, 8% (V/V) ETOH, 40 MM SUCROSE; CRYOSOLUTION: 0.1 M MES PH 6.5, 17% PEG 20K, 60% (V/V) ETOH, 25 MM SUCROSE	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
1RIN X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF A PEA LECTIN-TRIMANNOSIDE COMPLEX AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–210（180 aa）链 B 218–266（49 aa）链 C 31–210（180 aa）链 D 218–266（49 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1RIN X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF A PEA LECTIN-TRIMANNOSIDE COMPLEX AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–210（180 aa）链 B 218–266（49 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1RIN X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF A PEA LECTIN-TRIMANNOSIDE COMPLEX AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 31–210（180 aa）链 D 218–266（49 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–211（181 aa）链 B 218–269（52 aa）链 C 31–211（181 aa）链 D 218–269（52 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 31–211（181 aa）链 D 218–269（52 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
2LTN DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM) 提交 1990-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–211（181 aa）链 B 218–269（52 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
5T7P Crystal structure of Pisum arvense lectin (PAL) complexed with X-Man 提交 2016-09-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–266（236 aa）片段：UNP residues 31-266 链 B 31–266（236 aa）片段：UNP residues 31-266	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 XMM 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM HEPES pH 6.8, 20% PEG 8000, 200 mM Magnesium acetate tetrahydrate	分辨率 2.16 Å R-free 0.221

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC_PEA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 31–264 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 31–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bqp
沉积日期 deposition_date	1998-12-08
结构标题 title	THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-GLUCOPYRANOSE COMPLEX
关键词 keywords	PEA LECTIN, D-GLUCOPYRANOSE COMPLEX, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.96 Å
零角强度 I(0) i0	41892700.00
分子量 molecular_weight	50816.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63688 Å³
包络体积 envelope_volume	73074 Å³
水化壳体积 shell_volume	25244 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.37 Å
包络 Rg envelope_rg	25.15 Å
形状 Rg shape_rg	24.92 Å
总 Rg total_rg	25.79 Å
总原子数 total_atoms	4385
残基数 n_residues	456
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8643
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7424000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.889; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PEA LECTIN)
分子量 formula_weight	25861.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4646

TETTSFLITKFSPDQQNLIFQGDGYTTKEKLTLTKAVKNTVGRALYSSPIHIWDRETGNVANFVTSFTFVINAPNSYNVADGFTFFIAPVDTKPQTGGGYLGVFNSAEYDKTTQTVAVEFDTFYNAAWDPSNRDRHIGIDVNSIKSVNTKSWKLQNGEEANVVIAFNAATNVLTVSLTYPNNSLEEEVTSYTLSDVVSLKDVVPEWVRIGFSATTGAEYAAHEVLSWSFHSELS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	237

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bqpa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2bqpb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bqpA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2bqpB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.838 Å
晶胞边长 b length_b	135.246 Å
晶胞边长 c length_c	54.781 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1610
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.1880

fit	/app/data/saxs_computation/bq/2bqp/2bqp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bq/2bqp/2bqp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bq/2bqp/2bqp.dat

THE STRUCTURE OF THE PEA LECTIN-D-GLUCOPYRANOSE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PEA LECTIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction