2bsq

FitAB bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN B

NEISSERIA GONORRHOEAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	TRAFFICKING PROTEIN A × 4 （Q5F881） IR36, FORWARD STRAND × 1 IR36, REVERSE STRAND × 1 water × 9	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5F882_NEIG1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 B； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 C； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 D； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

TRAFFICKING PROTEIN A

NEISSERIA GONORRHOEAE

UniProt Q5F881

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	TRAFFICKING PROTEIN B × 4 （Q5F882） IR36, FORWARD STRAND × 1 IR36, REVERSE STRAND × 1 water × 9	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5F881_NEIG1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 F； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 G； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 H； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bsq
沉积日期 deposition_date	2005-05-23
结构标题 title	FitAB bound to DNA
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX, PIN DOMAIN, RIBBON-HELIX-HELIX, DNA BINDING, HETERODIMER; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bsq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bsq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.78 Å
Rg（电子密度）	35.71 Å
总 Rg	36.22 Å
原子数	7865
残基数	906
排除体积	136020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2bsq__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN B
分子量 formula_weight	16333.8 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7910

MILLDTNVISEPLRPQPNERVVAWLDSLILEDVYLSAITVAEMRLGVALLLNGKKKNVLHERMEQSILPLFAGRILPFDEPVAAIYAQIRSYAKTHGKEIAAADGYIAATAKQHSMTVATRDTGSFFAADVAVFNPWHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	NEISSERIA GONORRHOEAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	485
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN A
分子量 formula_weight	8313.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

ASVVIRNLSEATHNAIKFRARAAGRSTEAEIRLILDNIAKAQQTVRLGSMLASIGQEIGGVELEDVRGRNTDNEVSL

来源 Source

来源生物 organism	NEISSERIA GONORRHOEAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	485
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IR36, FORWARD STRAND
分子量 formula_weight	11170.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

AGATTGCTATCATTTTTTTTATTTTGATAGCATUTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	IR36, REVERSE STRAND
分子量 formula_weight	11198.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CAAATGCTATCAAAAUAAAAAAAATGATAGCAATCT

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2bsqa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.120 — PIN domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.120.1 — PIN domain-like
家族 Family family	c.120.1.1 — PIN domain

结构域编号 domain_id	d2bsqa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2bsqb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.120 — PIN domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.120.1 — PIN domain-like
家族 Family family	c.120.1.1 — PIN domain

结构域编号 domain_id	d2bsqb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2bsqc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.120 — PIN domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.120.1 — PIN domain-like
家族 Family family	c.120.1.1 — PIN domain

结构域编号 domain_id	d2bsqc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2bsqd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.120 — PIN domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.120.1 — PIN domain-like
家族 Family family	c.120.1.1 — PIN domain

结构域编号 domain_id	d2bsqd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2bsqe1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.8 — Trafficking protein A-like

结构域编号 domain_id	d2bsqf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.8 — Trafficking protein A-like

结构域编号 domain_id	d2bsqg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.8 — Trafficking protein A-like

结构域编号 domain_id	d2bsqh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.8 — Trafficking protein A-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2bsqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

结构域编号 domain_id	2bsqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

结构域编号 domain_id	2bsqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

结构域编号 domain_id	2bsqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

结构域编号 domain_id	2bsqE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2bsqF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2bsqG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2bsqH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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晶胞边长 a length_a	75.040 Å
晶胞边长 b length_b	82.403 Å
晶胞边长 c length_c	135.503 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	70.360 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2710

FitAB bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRAFFICKING PROTEIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bsq__assembly_1__model_1

2bsq__assembly_1__model_1 | I(q)

2bsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

FitAB bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRAFFICKING PROTEIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bsq__assembly_1__model_1

2bsq__assembly_1__model_1 | I(q)

2bsq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)