2bt3

AGAO in complex with Ruthenium-C4-wire at 1.73 angstroms

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHENYLETHYLAMINE OXIDASE

ARTHROBACTER GLOBIFORMIS

UniProt P46881

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–638 片段:AGAO HOLOENZYME, RESIDUES 3-638 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 R4A BIS[1H,1'H-2,2'-BIPYRIDINATO(2-)-KAPPA~2~N~1~,N~1'~]{3-[4-(1,10-DIHYDRO-1,10-PHENANTHROLIN-4-YL-KAPPA~2~N~1~,N~10~)BUTOXY]-N,N-DIMETHYLANILINATO(2-)}RUTHENIUM × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;PROTEIN (10 MG/ML) MIXED WITH EQUIVALENT VOLUME OF WELL SOLUTION (150 MM NA CITRATE (PH 6.5), 700 MM AMMONIUM SULFATE) 分辨率 1.73 Å R-free 0.171

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、143 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAOX_ARTGO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–636; UniProt 3–638

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bt3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bt3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bt3
沉积日期 deposition_date2005-05-26
结构标题 titleAGAO in complex with Ruthenium-C4-wire at 1.73 angstroms
关键词 keywords;AMINE OXIDASE, ARTHROBACTER GLOBIFORMIS, COPPER CONTAINING, OXIDOREDUCTASE, TPQ, QUINONE, RUTHENIUM DIIMINE WIRES, COMPETITIVE INHIBITION ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.83
零角强度 I(0) i084157100.00
分子量 molecular_weight70526.0 kDa
排除体积 excluded_volume87632 ų
包络体积 envelope_volume108840 ų
水化壳体积 shell_volume34300 ų
包络直径 envelope_diameter95.1
壳层 Rg shell_rg33.83
包络 Rg envelope_rg26.52
形状 Rg shape_rg25.80
总 Rg total_rg26.75
总原子数 total_atoms9509
残基数 n_residues619
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.9
Rg (实空间) rg_real27.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real8.4160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8760
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.7
偏度 Skewness skewness0.286
峰度 Kurtosis kurtosis-0.293
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15280000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2bt3a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.30.2 — Amine oxidase catalytic domain
家族 Family familyb.30.2.1 — Amine oxidase catalytic domain
结构域编号 domain_idd2bt3a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.2 — Amine oxidase N-terminal region
家族 Family familyd.17.2.1 — Amine oxidase N-terminal region
结构域编号 domain_idd2bt3a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.2 — Amine oxidase N-terminal region
家族 Family familyd.17.2.1 — Amine oxidase N-terminal region

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2bt3A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id2bt3A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id2bt3A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Copper amine oxidase, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)