SAXSdb — 2btq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TUBULIN BTUBA

PROSTHECOBACTER DEJONGEII

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–473	未记录	TUBULIN BTUBB × 2 （Q8GCC1） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.5M LI2SO4, 0.4M TRIS/HCL, PH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BTQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BTO Structure of BtubA from Prosthecobacter dejongeii 提交 2005-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–473（473 aa）链 B 1–473（473 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.6M NA K PHOSPHATE, PH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.235
5O09 BtubABC mini microtubule 提交 2017-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 1A 3–435（433 aa）链 2A 3–435（433 aa）链 3A 3–435（433 aa）链 4A 3–435（433 aa）链 5A 3–435（433 aa）链 6A 3–435（433 aa）链 7A 3–435（433 aa）链 8A 3–435（433 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8GCC5_9BACT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–473； UniProt 1–473

TUBULIN BTUBB

PROSTHECOBACTER DEJONGEII

UniProt Q8GCC1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–426	未记录	TUBULIN BTUBA × 2 （Q8GCC5） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.5M LI2SO4, 0.4M TRIS/HCL, PH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BTQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5O09 BtubABC mini microtubule 提交 2017-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 1B 1–426（426 aa）链 2B 1–426（426 aa）链 3B 1–426（426 aa）链 4B 1–426（426 aa）链 5B 1–426（426 aa）链 6B 1–426（426 aa）链 7B 1–426（426 aa）链 8B 1–426（426 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8GCC1_9BACT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2btq
沉积日期 deposition_date	2005-06-06
结构标题 title	Structure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii
关键词 keywords	;STRUCTURAL PROTEIN, CYTOSKELETAL PROTEIN-COMPLEX, BACTERIAL TUBULIN, CYTOSKELETON, POLYMERIZATION, VERRUCOMICROBIA, PROTEIN COMPLEX, CYTOSKELETAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.33 Å
零角强度 I(0) i0	132296000.00
分子量 molecular_weight	91040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113820 Å³
包络体积 envelope_volume	136810 Å³
水化壳体积 shell_volume	38716 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.76 Å
包络 Rg envelope_rg	29.60 Å
形状 Rg shape_rg	29.35 Å
总 Rg total_rg	29.90 Å
总原子数 total_atoms	6402
残基数 n_residues	828
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8763
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TUBULIN BTUBA
分子量 formula_weight	51299.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6402

MKVNNTIVVSIGQAGNQIAASFWKTVCLEHGIDPLTGQTAPGVAPRGNWSSFFSKLGESSSGSYVPRAIMVDLEPSVIDNVKATSGSLFNPANLISRTEGAGGNFAVGYLGAGREVLPEVMSRLDYEIDKCDNVGGIIVLHAIGGGTGSGFGALLIESLKEKYGEIPVLSCAVLPSPQVSSVVTEPYNTVFALNTLRRSADACLIFDNEALFDLAHRKWNIESPTVDDLNLLITEALAGITASMRFSGFLTVEISLRELLTNLVPQPSLHFLMCAFAPLTPPDRSKFEELGIEEMIKSLFDNGSVFAACSPMEGRFLSTAVLYRGIMEDKPLADAALAAMREKLPLTYWIPTAFKIGYVEQPGISHRKSMVLLANNTEIARVLDRICHNFDKLWQRKAFANWYLNEGMSEEQINVLRASAQELVQSYQVAEESGAKAKVQDSAGDTGMRAAAAGVSDDARGSMSLRDLVDRRR

来源 Source

来源生物 organism	PROSTHECOBACTER DEJONGEII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	48465
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TUBULIN BTUBB
分子量 formula_weight	46465.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VREILSIHVGQCGNQIADSFWRLALREHGLTEAGTLKEGSNAAANSNMEVFFHKVRDGKYVPRAVLVDLEPGVIARIEGGDMSQLFDESSIVRKIPGAANNWARGYNVEGEKVIDQIMNVIDSAVEKTKGLQGFLMTHSIGGGSGSGLGSLILERLRQAYPKKRIFTFSVVPSPLISDSAVEPYNAILTLQRILDNADGAVLLDNEALFRIAKAKLNRSPNYMDLNNIIALIVSSVTASLRFPGKLNTDLSEFVTNLVPFPGNHFLTASFAPMRGAGQEGQVRTNFPDLARETFAQDNFTAAIDWQQGVYLAASALFRGDVKAKDVDENMATIRKSLNYASYMPASGGLKLGYAETAPEGFASSGLALVNHTGIAAVFERLIAQFDIMFDNHAYTHWYENAGVSRDMMAKARNQIATLAQSYRDAS

来源 Source

来源生物 organism	PROSTHECOBACTER DEJONGEII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	48465
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2btqa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d2btqa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2btqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	2btqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2btqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	2btqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2btqB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	154.398 Å
晶胞边长 b length_b	154.398 Å
晶胞边长 c length_c	256.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	53.520 Å
R 因子 r_factor	0.2147
R_work r_work	0.2147
R_free r_free	0.2466

fit	/app/data/saxs_computation/bt/2btq/2btq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/2btq/2btq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/2btq/2btq.dat

Structure of BtubAB heterodimer from Prosthecobacter dejongeii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TUBULIN BTUBA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TUBULIN BTUBB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)