2bwb

Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 326–371	片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BWB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WR1 The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin 提交 2004-10-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 328–373（46 aa）片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride NMR样品组成 U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O NMR样品组成 U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O	分辨率未提供
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 B 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 C 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 D 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 E 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 F 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 G 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 H 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 I 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 T 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 O 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 P 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 Q 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 R 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 U 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 K 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 L 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 M 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 S 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2BWF Crystal structure of the UBL domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 1.15 Å R-free 0.195
2BWF Crystal structure of the UBL domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 1.15 Å R-free 0.195
3M63 Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Dsk2 提交 2010-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–75（75 aa）片段：UNP residues 1-75, Ubiquitin-like domain	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16-18% PEG 3500 200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
4UN2 Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 in complex with Ubiquitin 提交 2014-05-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 328-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 8.5, 20% PEG 8000	分辨率 1.51 Å R-free 0.196

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSK2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 B； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 C； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 D； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 E； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 F； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 G； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 H； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371 作者链 I； PDB构建体 1–46； UniProt 326–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bwb
沉积日期 deposition_date	2005-07-13
结构标题 title	Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae
关键词 keywords	UBIQUITIN, UBA, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.64 Å
零角强度 I(0) i0	39726000.00
分子量 molecular_weight	45171.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54807 Å³
包络体积 envelope_volume	76060 Å³
水化壳体积 shell_volume	23132 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	33.62 Å
包络 Rg envelope_rg	30.64 Å
形状 Rg shape_rg	30.65 Å
总 Rg total_rg	30.89 Å
总原子数 total_atoms	3187
残基数 n_residues	398
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8724
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.718
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2434000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.799; Smooth: 0.803

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2bwba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2bwbi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2bwbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2bwbI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.311 Å
晶胞边长 b length_b	44.069 Å
晶胞边长 c length_c	111.525 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	101.020 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.3070

描述 description	UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2
分子量 formula_weight	5214.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	3337

Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

fit	/app/data/saxs_computation/bw/2bwb/2bwb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/2bwb/2bwb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/2bwb/2bwb.dat