SAXSdb — 2bwf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–75	片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.00	分辨率 1.15 Å R-free 0.195
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–75	片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.00	分辨率 1.15 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WR1 The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin 提交 2004-10-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 328–373（46 aa）片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride NMR样品组成 U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O NMR样品组成 U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O	分辨率未提供
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWB Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae 提交 2005-07-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 326–371（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 326-371	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6 M TRISODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 B 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 C 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 D 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 E 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 F 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 G 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 H 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 I 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 T 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 O 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 P 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 Q 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 R 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 U 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2BWE The crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2 提交 2005-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 K 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 L 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 M 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 链 S 1–75（75 aa）片段：UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
3M63 Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Dsk2 提交 2010-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–75（75 aa）片段：UNP residues 1-75, Ubiquitin-like domain	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16-18% PEG 3500 200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
4UN2 Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 in complex with Ubiquitin 提交 2014-05-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 328–373（46 aa）片段：UBA DOMAIN, RESIDUES 328-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 8.5, 20% PEG 8000	分辨率 1.51 Å R-free 0.196

共 5 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSK2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–77； UniProt 1–75 作者链 B； PDB构建体 3–77； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bwf
沉积日期 deposition_date	2005-07-13
结构标题 title	Crystal structure of the UBL domain of Dsk2 from S. cerevisiae
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, UBIQUITIN, UBA, SIGNALING PROTEINS; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.04 Å
零角强度 I(0) i0	5684730.00
分子量 molecular_weight	17244.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21580 Å³
包络体积 envelope_volume	25286 Å³
水化壳体积 shell_volume	13071 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.99 Å
包络 Rg envelope_rg	17.18 Å
形状 Rg shape_rg	17.01 Å
总 Rg total_rg	17.98 Å
总原子数 total_atoms	1216
残基数 n_residues	153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0890e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5685000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1662000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2
分子量 formula_weight	8634.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1375

LDMSLNIHIKSGQDKWEVNVAPESTVLQFKEAINKANGIPVANQRLIYSGKILKDDQTVESYHIQDGHSVHLVKSQP

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bwfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2bwfb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bwfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2bwfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.415 Å
晶胞边长 b length_b	49.587 Å
晶胞边长 c length_c	58.771 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	34.920 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.1950

fit	/app/data/saxs_computation/bw/2bwf/2bwf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/2bwf/2bwf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/2bwf/2bwf.dat

Crystal structure of the UBL domain of Dsk2 from S. cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction