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2c0r

CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS VAR. ALKALOPHILUS AT pH 8.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE

BACILLUS CIRCULANS

UniProt Q59196

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–361 链 B； UniProt 1–361 突变：YES PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；30% PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 8.5, 5% GLYCEROL, 0.2 M SODIUM ACETATE 分辨率 1.20 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2C0R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BT4 PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS SUBSP. ALKALOPHILUS 提交 1998-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–362（359 aa） 片段：ONE COMPLETE SUBUNIT
突变：K3E PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 macroseeding；pH 4.6；CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE FROM 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, 2-6% GLYCEROL, 2-4% PEG 20000, USING MACROSEEDING TECHNIQUES, macroseeding
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1W3U Crystal structure of phosphoserine aminotransferase from Bacillus circulans var. alkalophilus 提交 2004-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa）
突变：YES PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE FROM 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, 5% GLYCEROL, 4% PEG 20000
分辨率 1.50 Å R-free 0.208

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SERC_BACCI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–362； UniProt 1–361 作者链 B； PDB构建体 2–362； UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c0r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c0r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c0r
沉积日期 deposition_date2005-09-07
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS VAR. ALKALOPHILUS AT pH 8.5
关键词 keywords;TRANSFERASE, PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE, PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE, PYRIDINE SERINE BIOSYNTHESIS, AMINO-ACID BIOSYNTHESIS, AMINOTRANSFERASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE, PYRIDOXINE BIOSYNTHESIS, SERINE BIOSYNTHESIS ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.33 Å
零角强度 I(0) i0103620000.00
分子量 molecular_weight79464.0 kDa
排除体积 excluded_volume99004 ų
包络体积 envelope_volume115110 ų
水化壳体积 shell_volume35742 ų
包络直径 envelope_diameter93.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.66 Å
包络 Rg envelope_rg26.64 Å
形状 Rg shape_rg26.35 Å
总 Rg total_rg27.05 Å
总原子数 total_atoms5591
残基数 n_residues722
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7782
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.0 Å
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.293
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44000000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.710; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2c0ra_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like
结构域编号 domain_idd2c0rb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2c0rA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id2c0rA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id2c0rB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id2c0rB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)