2c1d

Crystal structure of SoxXA from P. pantotrophus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOXA

PARACOCCUS DENITRIFICANS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXX × 1 （Q9LCV0） HEME C × 3 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXX × 1 （Q9LCV0） HEME C × 3 ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXX × 1 （Q9LCV0） HEME C × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXX × 1 （Q9LCV0） HEME C × 3 ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O33434_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 27–290 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 27–290 作者链 E； PDB构建体 1–264； UniProt 27–290 作者链 G； PDB构建体 1–264； UniProt 27–290

SOXX

PARACOCCUS PANTOTROPHUS

UniProt Q9LCV0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXA × 1 （O33434） HEME C × 3 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXA × 1 （O33434） HEME C × 3 ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXA × 1 （O33434） HEME C × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SOXA × 1 （O33434） HEME C × 3 ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LCV0_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–137； UniProt 21–157 作者链 D； PDB构建体 1–137； UniProt 21–157 作者链 F； PDB构建体 1–137； UniProt 21–157 作者链 H； PDB构建体 1–137； UniProt 21–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c1d
沉积日期 deposition_date	2005-09-13
结构标题 title	Crystal structure of SoxXA from P. pantotrophus
关键词 keywords	SULFUR OXIDATION, CYTOCHROME-C-TYPE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c1d__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c1d__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c1d__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.48 Å
Rg（电子密度）	23.78 Å
总 Rg	24.59 Å
原子数	3182
残基数	400
排除体积	56218 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c1d__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c1d__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2c1d__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2c1d__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SOXA
分子量 formula_weight	29281.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	14878

DPVEDGLVIETDSGPVEIVTKTAPPAFLADTFDTIYSGWHFRDDSTRDLERDDFDNPAMVFVDRGLDKWNAAMGVNGESCASCHQGPESMAGLRAVMPRVDEHTGKLMIMEDYVNACVTERMGLEKWGVTSDNMKDMLSLISLQSRGMAVNVKIDGPAAPYWEHGKEIYYTRYGQLEMSCANCHEDNAGNMIRADHLSQGQINGFPTYRLKDSGMVTAQHRFVGCVRDTRAETFKAGSDDFKALELYVASRGNGLSVEGVSVRH

来源 Source

来源生物 organism	PARACOCCUS DENITRIFICANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	PARACOCCUS PANTOTROPHUS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SOXX
分子量 formula_weight	14330.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

CETAPKEVVYVEGAVEASLTGAPGNPEEGVRIMTTNALGNCVACHQIGALPDVEFPGTIAPPLDGAGDRWTEAQLRGIVANAKMTFEGTFMPAFYKVDGFVRPGDGFSGKAGAEPLAPILNAQQIEDVVAFLVTLKE

来源 Source

来源生物 organism	PARACOCCUS PANTOTROPHUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	82367
宿主生物 host_organism	PARACOCCUS PANTOTROPHUS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2151

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2c1da1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1da2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1db_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1de1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1de2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1df_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dg2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c1dh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2c1dA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2c1dH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	42.860 Å
晶胞边长 b length_b	180.010 Å
晶胞边长 c length_c	117.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	119.520 Å
R 因子 r_factor	0.1610
R_work r_work	0.1590
R_free r_free	0.2110

Crystal structure of SoxXA from P. pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOXA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SOXX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c1d__assembly_2__model_1

2c1d__assembly_2__model_1 | I(q)

2c1d__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of SoxXA from P. pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOXA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SOXX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c1d__assembly_2__model_1

2c1d__assembly_2__model_1 | I(q)

2c1d__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)